<x-charset iso-8859-1>Bonjour,
je suis ravi qu'une personne sur le forum ADE-4 rouvre un dossier que
j'avais tente de soulever il y a quelques temps, mais sur lequel je n'avais
recu qu'un petit nombre de commentaires (voir la reponse de D. Chessel p.ex.
sur ce forum).
Ce probleme des double-zeros est un point crucial developpe non seulement
par Legendre, mais egalemment par ter Braak, et reviens bien souvent dans
les ecrits de toute la lignee des biostatisticiens neerlandais qui ont
suivis ce dernier (Van Wijngaarden, etc...). Il est vrai que dans ADE-4, je
n'ai jamais vu de mise en garde particuliere a ce sujet. Mais le debat reste
ouvert car je ne suis de loin pas le specialiste mathematicien des double
zeros dans les matrices!
Personnellement, face a ce probleme, j'ai opte soit par l'approche AFC (mais
qui ne convient pas toujours), soit (et bien plus souvent) par les approches
intitulees 'non-metric multidimensional scaling', et 'metric
multidimensional scaling' (ou principal coordinate analysis) lorsque je dois
travailler sur des matrices avec beaucoup de zeros. Ca apparait peut etre un
peu rustre, mais ca m'a donne concretement de bons resultats.
Sinon, a la page 292 de son livre, Legendre propose egalemment face a ce
probleme (1) de reduire la proportion des double-zeros ou (2) de supprimer
les double-zeros de la matrice de correlation ou covariance; mais cette
derniere proposition ne semble pas etre si simple a realiser sur les
programmes. Le debat sur les double-zeros reste de toute facon ouvert...
Avec mes salutations, Patrick Bungener
-----------------------------------------------------------------------
------------------
Dr Patrick Bungener
Institut de recherches en protection de l'environnement et en agriculture
(IUL) Liebefeld
Schwarzenburgstrasse 155
3003 Berne, Suisse
Tel: ++41 (0)31 323 83 52
Fax: ++41 (0)31 323 84 15
Email: patrick.bungener@iul.admin.ch
P: bungener@bluewin.ch
-------------------
-----------------------------------------------------------------------
-----Message d'origine-----
De : owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
[mailto:owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr]De la part de Grenouillet
Gael
Envoyé : mardi, 25. juillet 2000 21:26
À : adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
Objet : double-zeros et ACP
Bonjour a tous,
Lors d'un congres, j'ai presente une ACP faite sur des releves d'abondance
de zooplancton (nombre par litre pour 18 taxons et 324 releves) dans
differents types de vegetation aquatique.
L'essentiel de l'information se resume sur un seul axe (effet "taille"),
qui ordonne les releves depuis les points "sans vegetation" (les plus
pauvres en zooplancton) jusqu'aux points dans les herbiers les plus denses.
L'abondance de zooplancton varie, suivant le type de vegetation, d'un
facteur 100.
Question d'un congressiste : Pourquoi avoir fait une ACP ? Savez-vous que
les double-zeros peuvent poser des problemes ? Allez voir la derniere
edition de Legendre & Legendre.
...dont acte.
Dans "Numerical Ecology" (Legendre & Legendre 1998), on peut lire a
plusieurs reprises des mises en garde pour l'analyse de tableaux ou une
espece est absente dans au moins deux releves (double-zeros).
Le probleme, pour resumer, est le suivant :
(p.253-254) Classiquement, une espece presente une reponse unimodale face
aux gradients environnementaux (notion d'optimum ecologique) et son
abondance diminue de part et d'autre de cet optimum. Une espece presente
dans deux releves indique donc que ces deux releves sont similaires, alors
q'une espece absente dans deux releves n'indique rien du tout : les deux
releves peuvent etre situes chacun a une extremite du gradient.
De plus, des releves avec peu d'especes (beaucoup de zeros) presenteront
une forte similarite.
(p.413) Les auteurs suggerent alors de n'utiliser l'ACP que lorsque le
gradient environnemental est tres faible (on s'attend a trouver les memes
especes, les differences ne portant alors que sur les abondances). Lorsque
le gradient est plus fort, les auteurs preconisent l'AFC, la distance du
Khi2 etant un coefficient qui exclue les double-zeros.
Il me semble pourtant que la similarite entre deux releves contenant tres
peu d'especes (meme si ces especes sont differentes) garde une certaine
signification d'un point de vue ecologique.
Y a-t-il un reel probleme a faire une ACP sur des donnees d'abondance
contenant, comme c'est frequemment le cas en ecologie, des zeros ?
Si tel est le cas, comment faire lorsque l'information essentielle est dans
la difference d'abondance totale entre releves (information eliminee en
AFC) ?
merci d'avance.
Gael Grenouillet
-----------------------------------------------
Ecologie des Hydrosystemes Fluviaux
Universite Lyon 1 - Bat 401 C
43, Bd du 11 novembre 1918
F-69622 Villeurbanne Cedex - France
-----------------------------------------------
</x-charset>
This archive was generated by hypermail 2b30 : Mon Feb 12 2001 - 09:24:56 MET