At 14:52 11/06/2002 +0200, Yorick REYJOL wrote:
>Bonjour à vous,
>
>je souhaiterais connaître la différence entre une Detrended Correspondence
>Analysis et une ACC. De plus, pourriez-vous me faire part des avantages et
>inconvénients des 2 méthodes l'une par rapport à l'autre ?
Il y a une petite ambigüité dans la question.
La propriété "detrended" s'applique à l'AFC qui peut être détendancée
La propriété "detrended" s'applique à l'ACC qui peut être détendancée
L'opération initiale portait sur l'AFC :
Hill, M. O. 1979. DECORANA-a FORTRAN program for detrended correspondence
analysis and reciprocal averaging. Software documentation Cornell
University, Ithaca, New-York, USA.
Hill, M. O., and H. G. Gauch. 1980. Detrended correspondence analysis: an
improved ordination technique. Vegetatio 42:47-58.
Elle consiste à déplier une carte factorielle présentant un effet Guttman
en ajustant des moyennes locales du F2 sur le F1 et en remplaçant la
deuxième coordonnée par les résidus de l'ajustement.
Elle a fait l'objet d'un débat animé qui répond largement à la question :
Jackson, D. A., and K. M. Somers. 1991. Putting things in order: the ups
and downs of detrended correspondence analysis. The American Naturalist
137:707-712.
Peet, R. K., R. G. Knox, J. S. Case, and R. B. Allen. 1988. Putting things
in order : the advantages of detrended correspondence analysis. The
American Naturalist 131:924-934.
Wartenberg, D., S. Ferson, and F. J. Ohlf. 1987. Putting things in order :
a critique of detrended correspondence analysis. The American Naturalist
129:434-448.
Elle a été étendue à l'ACC dans CANOCO par son inventeur :
Ter Braak, C. J. F. 1987. CANOCO - a FORTRAN program for Canonical commnity
ordination by [partial][detrended][canonical] correspondence analysis and
redundancy analysis. Software documentation Version 2.1, TNO Institute of
Applied Computer Science, Wageningen.
Dans une AFC qui ne présente pas d'"arch effect" cette opération est stupide.
Dans une AFC qui présente un tel effet, il y a souvent des raisons
biologiques qu'il est intéressant de repérer en particulier sur les espèces
qui plient le plan avec des distributions larges ou bimodales. En
particulier les espèces spécialistes du centre du gradient sont à
l'extérieur du nuage et les espèces à amplitude large et moyenne au centre
du gradient sont à l'intérieur du nuage. Se débarasser a priori de cet
effet est une perte.
Il arrive enfin qu'il s'agisse d'un artefact mathématique qu'on voit dans
les simulations. Certains pensaient que dans ce cas, c'était une mauvaise
réponse à une bonne question de part la rusticité de la procédure
numérique. Il y a peut-être eu des progrès.
Il n'y aura pas de detrended dans ADE-4 parce que ça invalide toutes les
propriétés mathématiques de l'analyse. Les cartes factorielles détendancées
sont très nombreuses dans la littérature écologique. P. Legendre nous a dit
l'an dernier qu'un workshop sur la question avait conduit à un compromis
entre les biostatisticiens présents contre cette pratique, mais que ça
n'avait eu aucun effet concret.
En dernier ressort, les avantages et inconvénients d'une méthode n'existent
que par rapport à un jeu de données. Il existe toujours des cas qui
conviennent et des contre-indications.
cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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