Bonjour à vous tous,
Je suis désolée pour la quantité certainement dérangeante de mails, concernant mon problème, qui est peut-être parvenue à ADElist. J'ai fait une erreur grossière d'inattention en mettant le "subjet" dans "Cc", ce qui me valait un message d'erreur ne me confirmant pas l'envoye réussi à l'adresse indiquée dans "A"...!!
1000 excuses...et surtout à Jean Thouliouse que j'ai du pollué par mes "Serial-mails".
Dans le cas ou le mail n'aurait pas été posté, je réitère mes questions avec quelques suppléments en réponse au mail de Mr Thioulouse:
J'ai un tableau floristique avec 173 relevés et 640 espèces renseignées par un coefficient d'abondance (de 0 à 5).
Une même espèce peut être présente 2 fois dans un même relevé suivant la strate à la quelle elle appartient.
Par exemple, dans un relevé de pinède je peux avoir l'espèce "Pinhal1" (quand Pinus halepensis est herbacée) avec une abondance de 1 et "PinhalA" (quand Pinus halepensis est arborescente) avec une abondance de 5
Je voudrais rassembler les relevés en fonction des espèces les plus communes et les plus abondantes. En somme, regrouper tous les relevés en Pinède par le fait qu'il y ait du Pin d'halep, en strate A(arbrorée) et qu'il soit abondant.
Vous me direz que je cherche à enfoncer des portes ouvertes,mais l'exemple est grossier car dans beaucoup de relevés je me retrouve avec des unités de végétation pas très évidentes à trancher, notemment pour tous ceux qui ont une affinité avec les garrigues...!!
1) J'ai donc fait une ACP-covariance, les regroupements d'espèces sont assez satisfaisants (pour certains), mais
je cherche à faire mieux. Y aurait -il une meilleure approche?
En réponse à Mr Thioulouse, après cette ACP-covariance, certains classements de relevés "évidents" me laissent songeuse ; un exemple :
- Dans un nuage de points constitué en majorité par des relevés en Chênaie verte (13) se trouvent aussi :
2 / 9 relevés en forêts mixtes (à Pin + Chêne vert + Chêne pubescent)
2 / 4 relevés en Cêdraie
C'est l'association de 3 codes-espèces à fortes contributions sur l'axe 2 (Chêne vert en strate AD et en strate
uniquement D puis le Buis en strateD) qui déterminent le regroupement des relevés ci-dessus aux plus fortes
contributions absolues sur l'axe 2.
2) On m'a suggéré de remplacer les abondances par "Log(Abondance) +1"? Mais est ce vraiment nécessaire?
- Mr Thioulouse ne pense pas, mais pourquoi?
- La réponse serait-elle dans l'archive du 9 mai 1997 écrite par Mr Chessel :
"Ne pas transformer les données consiste à prendre comme abondance totale d'un relevé, l'abondance des espèces les plus abondantes, souvent les ubiquistes généralistes d'intérêt écologique faible" .... n'est ce pas justement ce qui est interressant dans mon cas, vu que je ne cherche pas particulièrement d'interprétation écologique?
3) Et enfin, pourriez vous juste en quelques mots me renseigner sur la différence entre ACP-Covariance et AFC sur un tableau en abondance?
- Je pense que l'ACP-Covariance discrimine les relevés en fonction des espèces les plus communes (c'est pour cela
que je l'ai choisi cette méthode)
- et que l'AFC discrimine les relevés en fonction des espèces et des associations d'espèces les moins fréquentes.
Mr Thioulouse m'a répondu "L'AFC elimine l'influence de l'abondance des especes en divisant par les effectifs marginaux. Dans le cas des especes rares presentes dans des releves contenant peu d'individus, cela peut provoquer des effets
redhibitoires ("correspondances pointues")."
Qu'en est -t-il de l'ACP-covariance?
Merci pour votre aide,
Lidwine
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