Bonjour,
un message personnel de Raphaelle Pin peut intéresser d'autres utilisateurs
d'ADE-4
At 16:55 13/05/2002 +0200, raphaelle pin wrote:
>Bonjour,
>
>Ayant eu votre adresse sur le site d'ADE4, je me
>permets de vous écrire pour vous faire part des mes
>problèmes d'ordre statistiques: quasi débutante en la
>matière, je dois faire une typologie à partir d'une
>base de données sur les caractéristiques de mares et
>de pâturages fréquentés par du bétail transhumant.
>J'ai un petit problème méthodo pour traiter les
>données phytosociologiques:
> >
> > Pour chaque mare (M_CODEMARE) on a relevé les espèces
> > présentes (P_CODEESP), ainsi que leur abondance (de 0 à 4).
> >
> > Ex:
> > CP_IDX M_CODEMARE P_CODEESP CO_ABD
> > 32 WNIWA P008 1
> > 33 WNIWA P033 1
> > 34 WNIWA P011 2
> > 35 WNIWA P010 3
> > 36 WNIWA P014 1
> > 37 WNIWA P015 3
> > 38 WNIWA P012 1
> > 39 WNIWA P004 1
> > 40 WNIWA P044 2
> > 41 WDELBI P010 2
> > 42 WDELBI P029 2
> > 43 WDELBI P008 2
> > 44 WDELBI P044 2
> > 45 WDELBI P034 2
> > 46 WDELBI P031 2
> > 47 WDELBI P046 3
> > 48 WDELBI P047 0
> >
> > Je me demande si je peux utiliser la fonction
>EcoDataBin, qui semble correspondre à ce type de
>problème. si oui, est il possible de faire une AFC par
>la suite?
EcoDataBin ne correspond pas à ce format.
Les données sont une liste d'occurence pondérée.
1) Demander au programme gestionnaire de la base de données de sortir les
résultats avec le séparateur tabulation.
Sous Excel séparer l'information en trois fichiers texte. Le premier
contient le nom du site :
WNIWA
WNIWA
WNIWA
WNIWA
WNIWA
WNIWA
WNIWA
WNIWA
WNIWA
WDELBI
WDELBI
WDELBI
WDELBI
WDELBI
WDELBI
WDELBI
WDELBI
appelons le sit.txt
Le lire avec TextToBin: LabelToCateg pour en faire une variable qualitative
dans le fichier sit
Qualitative variables file: sit
Number of rows: 17, variables: 1, categories: 2
...
sit.123 contient pour la suite les étiquettes des sites
2) Le second contient le nom des espèces. Appelons le esp.txt :
P008
P033
P011
P010
P014
P015
P012
P004
P044
P010
P029
P008
P044
P034
P031
P046
P047
Le lire avec TextToBin: LabelToCateg pour en faire une variable qualitative
dans le fichier esp
Qualitative variables file: esp
Number of rows: 17, variables: 1, categories: 14
...
esp.123 contient pour la suite les étiquettes des espèces
3) Le troisième contient la note d'abondance : appelons le ab.txt
1
1
2
3
1
3
1
1
2
2
2
2
2
2
2
3
0
le lire avec TextToBin: Text->Binary ou adetrans
On obtient un fichier binaire à une seule variable et le même nombre de lignes
Vérifier la pertinence du codage : en phyto-sociologie si 0 veut dire
présence (et non pas absence) ajouter 1 à toutes les valeurs par Bin-Bin:
[a*x+b]pow[c] (a=1, b=1, c=1). Le fichier de sortie ab1 contient alors :
Binary input file: D:\Ade4\Dir_Try\AviAnn\ab1 - 17 rows, 1 cols.
1 | 2.0000
2 | 2.0000
3 | 3.0000
4 | 4.0000
5 | 2.0000
6 | 4.0000
7 | 2.0000
8 | 2.0000
9 | 3.0000
10 | 3.0000
11 | 3.0000
12 | 3.0000
13 | 3.0000
14 | 3.0000
15 | 3.0000
16 | 4.0000
17 | 1.0000
4) croiser les deux variables qualitatives avec la pondération de ab1 avec
CategVar: CrossingCateg
File tabBB contains crossed Burt's matrix X'DY from
coded matrix X and coded matrix Y.
It has 2 rows (categories) and 14 columns (categories)
Access for X: file D:\Ade4\Dir_Try\AviAnn\sit.cat
Access for Y: file D:\Ade4\Dir_Try\AviAnn\esp.cat
File tabBB.bli contains row indicator (number of modalities for each variable)
It has 1 rows (categories) and 1 column
File tabBB.bco contains column indicator (number of modalities for each
variable)
It has 1 rows (categories) and 1 column
Les fichiers tabBB.bli et .bco ne servent ici à rien. Vérifier le résultat :
-------------------------------------------------
Binary input file: D:\Ade4\Dir_Try\AviAnn\tabBB - 2 rows, 14 cols.
1
| 2.0000 2.0000 3.0000 4.0000 2.0000 4.0000 2.0000 2.0000 3.0000
0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
2
| 3.0000 0.0000 0.0000 3.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 3.0000
3.0000 3.0000 3.0000 4.0000 1.0000
On obtient un tableau sites en lignes - espèces en colonnes - abondance
dans les cellules
L'analyse des correspondances (COA: COrrespondence Analysis) s'applique à
ce tableau.
Si les occurences ne portent pas une pondération, utiliser plutôt le module
OccurData.
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
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