je vous conseillerais de lire un article de Legendre et Gallagher dont voici le lien vers l'article en PDF :
Ecologically meaningful transformations for ordination of species data
http://www.fas.umontreal.ca/BIOL/legendre/reprints/Legendre_&_Gallagher.pdf
En gros il vaut mieux faire une ACP qui est basée sur les distances euclidiennes plutôt qu'une AFC basée sur la distance du Chi², non adaptée aux données de communautées. L'AFC donne une fort poids aux esp rares (ce qui est bien quand on travaille sur les esp rares) contrairement à l'ACP. Cependant si vous avez un fort gradient dans votre échantillonnage, vous devez avoir beaucoup de 0 dans votre matrice (remplacement d'une esp par une autre le long du gradient) et là l'ACP n'est plus adaptée car elle va regrouper les relevés par rapport à leur ressemblance liée à l'abscence d'esp plutôt qu'à la présence d'esp. Alors les gens utilisent par défault l'AFC malgrès le pb des esp rares.
Dans cet article les auteurs proposent de transformer les données brutes (avec bcp de 0) pour pouvoir continuer à utiliser l'ACP. La transformation optimale issue de l'exemple de l'article est : transformée les données par la distance de Hellinger ou de Chord et faire une ACP.
Vous pouvez utiliser à ma connaissance le ProgicielR (gratuit, mais que sous mac) pour faire cette transformation, mais il est aussi possible de la faire vous même sous excel (un peu plus long).
Site pour télécharger le ProgicielR :
http://www.fas.umontreal.ca/biol/legendre/index.html
Le Mire Pecheux Lidwine
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----- Original Message -----
From: Jean-Claude Guillaume
To: adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
Sent: Thursday, October 02, 2003 12:32 PM
Subject: ACP ou AFC
Bonjour,
Je me pose des questions par rapport au problème suivant :sur un fichier exclusivement en 0-1 on peut faire une ACP ou une AFC, mais une des méthodes est-elle meilleure que l'autre ? Sinon quelles relations existent entre les 2 ?
Merci de vos réponses !
Jean-Claude GUILLAUME
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