At 16:06 15/04/2004 +0200, Jean- Baptiste Mouronval wrote:
>Bonjour à tous,
>
>Existe t-il dans l'ACC une possibilité de connaitre la contribution et la
>qualité de representation des différents relevés pour tel ou tel axe de
>l'analyse ? ou bien s'agit-il des mêmes valeurs que celles obtenues pour
>l'AFC (ou l'ACP) simple?*
>Merci par avance
Question bienvenue, la réponse est oui.
Dans la version sous R, exécuter une CCA :
data(doubs)
w=cca(doubs$poi,doubs$mil)
Select the number of axes: 3
Noter qu'une cca est un cas particulier d'une acpvi qui est une sous-classe des schémas de dualité.
class(w)
[1] "cca" "pcaiv" "dudi"
On peut donc appliquer les fonctions prévues pour les dudi
inertia.dudi(w,row=T)
$TOT
inertia cum ratio
1 0.534524 0.5345 0.6387
2 0.121839 0.6564 0.7843
3 0.068703 0.7251 0.8664
...
$row.abs
Axis1 Axis2 Axis3
1 329 254 331
2 157 1445 23
3 601 813 163
4 477 850 1
5 261 604 1340
6 567 977 46
7 666 247 18
8 0 0 0
...
$row.rel
Axis1 Axis2 Axis3 con.tra
1 -7170 -1260 -926 293
2 -2858 -5980 -53 352
3 -7297 -2251 -255 526
4 -6908 -2805 -2 441
5 -3802 -2011 2514 438
6 -6648 -2612 -69 545
7 -8726 -737 -30 488
8 0 0 0 0
...
$row.cum
Axis1 Axis2 Axis3 remain
1 7170 8430 9357 643
2 2858 8838 8890 1110
3 7297 9549 9804 196
4 6908 9713 9715 285
5 3802 5813 8327 1673
6 6648 9259 9328 672
7 8726 9463 9493 507
8 0 0 0 10000
...
On a les inerties relatives, absolues et cumulées du nuage des points lignes déformé par la projection des colonnes.
Dans la version classique, c'est la même chose. Exécuter DDUtil: Rows: Inertia analysis ou
DDUtil: Columns: inertia analysis sur le fichier .ivvp qui sort de la CCA
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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