Re: STATIS sur ADE4 et R

From: Daniel Chessel (chessel@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Wed Jun 23 2004 - 16:05:18 MEST


Bon, les jeunes commencent à bricoler dans les fonctions.
Cette stratégie manque sérieusement de solidité scientifique.
La question de Charline Laurent est pourtant intéressante.

At 16:57 22/06/2004 +0200, Charline Laurent wrote:
>Bonjour à tous,
>
>Suite à la réponse de Pierre Bady, concernant l'analyse STATICO sur R, j'ai voulu comparer 2 analyses STATIS, une réalisée avec ADE4 et l'autre avec R.
>
>J'ai utilisé pour cela les données environnementales du Méaudret : 10 variables mesurées sur 6 stations à 4 saisons différentes.
>
>Procédure sur R :
> # analyse intra-classe normalisée : normalisation de Bouroche
> wit1 <- within.pca(meau$mil, meau$plan$dat, scan = FALSE, scal = "total")
>
> # création du K-tableau
> kta1 <- ktab.within(wit1, colnames = rep(c("S1","S2","S3","S4","S5","S6"), 4))
>
> # analyse STATIS :
> statmil<-statis(kta1)

Ceci a l'avantage d'être clair car tout est dans
data(meau)
et on peut reproduire exactement le calcul

>Procédure sur ADE4 :
> KTabUtil : InitKTab
> KTabUtil : NormelizeKtab
> Row-Col option : option 3 : Bouroche's normalization
> STATIS : Operator averaging
> .ktta input file : Mil.ktta
> option : RV matrix

c'est déja moins reproductible.
Quelle est la fiche de données ? Il y en a deux.
quelles sont les indications utilisées comme indicateurs de blocs ?
Peut-on comparer les tableaux normalisés par blocs avant toute autre observation ?
A-t'on les mêmes tableaux, les mêmes poids sur les deux marges, la même division ?
Alors, on pourra conclure que les deux programmes sont différents et on cherchera à savoir pourquoi.

Merci de préciser

Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr



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