At 14:17 17/02/2005, natalia norden wrote:
>Je veux faire un test de Mantel pour comparer une matrice de distances
>(160 sites) et un matrice de similarité (liste d'espèces et abondance
>pour chacun des sites). J'ai donc installé le package ade4 pour R. Bien
>que ça à l'air très simple en utilisant la commande mantel.rtest, c'est
>spécifié que les arguments sont 2 matrices de distances. Or je voudrais
>calculer plutôt une matrice de similarité à partir d'un fichier "espèces"
>(en ligne les espèces et en colonne les sites), avec l'indice de Jaccard
>ou de Sorensen par exemple. Je suppose qu'après il faudrait transformer
>cette matrice de similarité en matrice de distances pour pouvoir ainsi
>faire le test de Mantel. Comment je peux procéder?
La fonction dist.binary fait cela directement. Elle calcule les indices de
similarités (Jaccard option 1, Sorensen option 5) et les distances associées.
C'est marqué dans la doc :
? dist.binary
Details:
All these distances are of type d = sqrt(1 - s) with s a similarity
coefficient.
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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