Bonjour,
Je veux faire un test de Mantel pour comparer une matrice de distances
(160 sites) et un matrice de similarité (liste d'espèces et abondance
pour chacun des sites). J'ai donc installé le package ade4 pour R. Bien
que ça à l'air très simple en utilisant la commande mantel.rtest, c'est
spécifié que les arguments sont 2 matrices de distances. Or je voudrais
calculer plutôt une matrice de similarité à partir d'un fichier
"espèces" (en ligne les espèces et en colonne les sites), avec l'indice
de Jaccard ou de Sorensen par exemple. Je suppose qu'après il faudrait
transformer cette matrice de similarité en matrice de distances pour
pouvoir ainsi faire le test de Mantel. Comment je peux procéder?
merci,
natalia
Natalia Norden
Laboratoire Evolution et Diversité Biologique UMR 5174
UPS Toulouse III, bâtiment IVR3, F31062 Toulouse
Tel 05 61 55 67 58
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