Les deux derniers messages sur adelist portent sur les variables
instrumentales et le passage ADE-4 vers ade4.
Je voudrais en profiter pour répondre avec des considérations assez
générales.
1) Le passage ADE-4 -> ade4 est une opération qui modifie sensiblement
la situation et théorique et pratique.
ADE-4 était un logiciel centrée sur l'ordination écologique et s'adresse
à des écologues.
ade4 est une librairie de R et s'adresse à beaucoup plus de monde.
Une question posée dans ADE-4 l'est dans un champ clos. Une question
posée dans ade4 l'est dans un champ ouvert.
Et ça change énormément de chose.
2) La question de David Storms est très intéressante et porte sur
l'analyse d'un tableau de contenus stomachaux dans un plan d'observation.
L'effet de la tempête sur le régime alimentaire est une hypothèse à tester.
Il est logique d'aborder cette question dans un environnement analyse de
données parce que les contenus stomachaux sont des variables extrêmement
complexes et instables. Il s'agit de données compositionnelles :
A recent excursion on the web in search of "compositional data" produced
over 3000 entries within a great variety of disciplines.
http://shop.store.yahoo.com/blackburnpress/stanofcoda.html
Il y a des colloques conscrés à ça
THE 2nd COMPOSITIONAL DATA ANALYSIS WORKSHOP CODAWORK’05
https://www.fundacioudg.org/fudgif/cat/prog-codaworka.asp?codi=2833
Et les données de contenus stomachaux sont très particulières dans
l'ensemble des données compositionelles. Un individu peut avoir beaucoup
ou peu mangé, le menu peut varier fortement, les préférences peuvent
jouer, ...
Je pense que le plus simple est de réduire le tableau initial en gardant
tout ce qui est interprétable en terme de différences entre tous les
individus et d'envoyer les coordonnées dans un modèle linéaire, facteur
par facteur, avec des effets dont un sera la position avant-après la
tempête.
ade4 fera correctement l'ACP profil avec des aides à l'interprétation
que vous ne trouverez pas ailleurs
lire http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/ter1.pdf avec 3 catégories et
utiliser l'acp de même avec p items.
lire http://pbil.univ-lyon1.fr/R/articles/arti101.pdf pour comprendre.
Mais ne bricolez pas dans R : le modèle linéaire vous obligera à poser
les questions correctement.
Peut on tester effet année après effet tempête ou effet tempête après
effet année ?
avec n=40, il faudra savoir être prudent.
*
*David Storms a écrit :
> Bonjour à tous et bonne année 2006,
> Je souhaite étudier l'effet de l'ouragan Lothar sur le régime
> alimentaire hivernal du cerf et du chevreuil. Je dispose pour cela
> d'analyses de panses réalisées au cours de différentes années avant et
> après 1999.
> Mes données se présentent sous forme d'un tableau avec les individus
> (estomacs, n=+/-40) en lignes et les items alimentaires en colonnes
> (somme des colonnes sur une ligne = 1). Une colonne supplémentaire
> donne l'année de prélèvement pour chaque individu.
> Je voudrais dans un premier temps vérifier si il y a un effet année au
> sein du groupe "avant tempête" et au sein du groupe "après tempête".
> Ensuite je voudrais vérifier si il y a un effet tempête en comparant
> les deux groupes "avant" et "après" tempête.
> Je compte réaliser l'analyse comme ceci:
> - ACP inter-années pour le groupe "avant tempête", calcul du rapport
> variance inter/variance totale; comparaison du résultat avec sa
> distribution obtenue par randomisation.
> - idem pour le groupe "après tempête"
> - centrage des individus par année (si effet année)
> - ACP inter-groupes avant/après tempête; calcul du rapport variance
> inter/variance totale; comparaison du résultat avec sa distribution
> obtenue par randomisation.
> Pourriez-vous me dire - si cette façon de faire me permettra de
> déterminer si Lothar a provoqué une modification de la distribution
> des items alimentaires au sein du régime pour chaque espèce?
> - quelle méthode conviendrait pour ensuite identifier les items
> alimentaires dont la proportion dans le régime est différente après
> tempête?
> Merci d'avance pour votre réponse,
> David Storms.
> /*ONCFS – CNERA CS*
>
> Maison du Frasey
> 2 rue du Château
> F-67290 La Petite Pierre
>
> Tél./Fax : +33.3.88.70.49.48
> Mobile : +33.6.70.91.24.76
> //david.storms@oncfs.gouv.fr/ <mailto:david.storms@oncfs.gouv.fr>
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