Bonjour,
est ce que une solution ne serait pas de faire un test de Mantel par
classes de distance?
i.e, diviser la matrice de distances en classe de distances. Si la dist
max entre i et j est de 10 km et qu'on détermine 10 classes de
distance, tous les pairs de points ij séparés par une dist < ou = 1 km
seront dans la classe 1, entre 1 et 2 km dans la classe 2 et ainsi de
suite. Pour chaque classe de distance il fait un test de Mantel. Et
puis ne s'interesser qu'à la 1ère classe de distance?
Comme c'est les distances les plus proches, évidemment les données ne
sont pas du tout indépendantes mais le test reste fondé sur la
permutation des lignes (hypothèse non paramétrique).
Il y a un logiciel de Pierre Legendre qui fait ça. D'abord on
transforme la matrice de distances en un matrice de classes de
distances et ensuite il compare la matrice à expliquer (similarité par
exemple) à cette matrice de classes de distance. Pour chaque classe de
distance k, il fait un test de Mantel entre la matrice à expliquer et
une matrice binaire (1 pour les points ij qui appartiennent à la classe
k et 0 pour le reste).
On obtient ce que Legendre appelle Corrélogramme de Mantel.
Est ce que cette approche est très spécifique à P. Legendre où c'est
une méthode répandue? On peut faire ce genre d'analyses sous R?
Merci, j'espère avoir été claire...
natalia
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Natalia Norden
Laboratoire Evolution et Diversité Biologique UMR 5174
UPS Toulouse III, bâtiment IVR3, F31062 Toulouse
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