Bonjour,
bon sang mais c'est bien sûr, encore un coup du "fa" qui a déjà fait
couler tant d'encre !
Il y a effectivement du "NA" qui traîne dans les "iv1$fa" et colinéarité
il y a !
Merci beauoup pour les réponses.
Cordialement
D. Loose
Stéphane Dray a écrit :
> Bonjour,
> a mon avis, cela peut venir du fait qu'il y a de la collinéarité dans
> vos variables. Dans ce cas, il n'y a pas de coefficient pour toutes
> les variables car la solution n'est pas unique. Un exemple:
> > a=data.frame(matrix(runif(50),10,5))
> > b=data.frame(matrix(rnorm(20),10,2))
> > b2=cbind(b,b[,1]+b[,2])
>
> > iv1=cca(a,b,scan=F)
> > iv2=cca(a,b2,scan=F)
>
> > iv1$fa
> RS1 RS2
> (Intercept) -1.027377e-17 3.206681e-17
> X1 -7.235288e-02 4.461820e-02
> X2 3.877041e-02 5.951930e-02
>
> > iv2$fa
> RS1 RS2
> (Intercept) -1.027377e-17 3.206681e-17
> X1 -7.235288e-02 4.461820e-02
> X2 3.877041e-02 5.951930e-02
> b...1....b...2. NA NA
>
>
>
> Dans ADE-4 classique, si je me souviens bien, la fonction ne renvoyait
> pas de coefficient si la solution n'était pas unique. Dans la version
> R, on en renvoie une. Comme a et b sont deja entré dans le modele, la
> combinaison lineaire a+b ne rajoute pas d'information et a un
> coefficient NA.
> De la même manière, si on a un facteur avec 3 niveaux, on aura
> seulement 2 coefficients. Deux categories sont suffisantes pour
> connaitre la 3eme, et par defaut, R considere la premiere categorie
> comme niveau de base (contr.treatment), on peux en changer (voir
> contrasts). Pour les variables quantitatives, R mettra des
> coefficients aux premières variables puis des NA pour les suivantes si
> il y a de la collinéarité:
>
> > b3=b2[,c(3,2,1)]
> > iv3=cca(a,b3,scan=F)
> > iv3$fa
> RS1 RS2
> (Intercept) -3.426153e-17 4.821345e-17
> b...1....b...2. -1.112143e-01 6.858306e-02
> X2 1.529537e-01 -1.089465e-02
> X1 NA NA
>
>
> Est-ce la bonne réponse ?
> Cordialement.
>
>
> dlo.ins wrote:
>
>> Bonjour,
>>
>> lors d'une CCA avec ADE4 sous R la commande "s.arrow(iv1$fa)" me
>> renvoi "Error in plot.window(xlim, ylim, log, asp, ...) :
>> need finite 'xlim' values". Quelqu'un a une idée de quoi ça vient ?
>>
>> Merci d'avance
>>
>>
>
>
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