Re: between test

From: Emmanuel Castella (Emmanuel.Castella@leba.unige.ch)
Date: Fri Dec 02 2005 - 10:15:37 MET

  • Next message: Stéphane Dray: "Re: between test"

    Bonjour
    Merci pour cette réponse. J'aimerais toutefois comprendre ce qu'elle
    signifie pour les utilisateurs de l'ancien ADE-4 (pre-R) qui pouvaient
    (peuvent), sans plus de soucis théoriques, rentrer avec une AFC dans
    Discrimin / LinkPrep / Between Analysis: test, et obtenir avec bonheur
    (et naiveté ?) une jolie "p value"?
    Merci d'avance
    Emmanuel

     Stéphane Dray a écrit :

    > Bonjour,
    > à ma connaissance, non. Je pense pas que ce soit en projet, quelqu'un
    > me contredira peut-être. La question des tests de permutation avec des
    > poids non uniformes posent de nombreux problèmes théoriques et
    > pratiques. On l'a vérifié il y a très peu de temps avec les tests de
    > coinertie et rlq. Il y avait quelques bugs qui ont été corrigés dans
    > la nouvelle version d'ade4 que vous pouvez télécharger sur CRAN. La
    > liberté de l'utilisateur d'ade4 est grande, il est difficile pour nous
    > de prévoir tous les cas, et c'est pour ça qu'il y a des gardes-fous :
    >
    > if (!(identical(all.equal(X.lw, rep(1/nrow(X), nrow(X))),
    > TRUE))) {
    > stop("Not implemented for non-uniform weights")
    > }
    > C'est assez frustrant pour l'utilisateur, j'en conviens.
    > Le code source d'ade4 est libre, on ne peut pas faire n'importe quoi,
    > l'utilisateur voit tout. On a préferé bloquer là où ça peut faire mal.
    > Au lieu d'apporter des petites briques par ci par la, on a préferé
    > ralentir la construction. Il faudrait un investissement théorique sous
    > la forme d'une publication présentant la stratégie méthodologique et
    > pratique sous la forme d'une programmation propre d'une question
    > générale et assez complexe... pour construire solidement.
    >
    > Cordialement.
    >
    > Emmanuel Castella wrote:
    >
    >> Bonjour
    >> je cherche à tester l'inertie inter-classes d'une AFC inter. Les
    >> fonctions rtest.between et randtest.between me renvoient "Not
    >> implemented for non-uniform weights". Existe-t'il une solution?
    >> Merci beaucoup par avance
    >> E. Castella
    >>
    >
    > 

    -- 
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Dr Emmanuel Castella

    Laboratoire d'Ecologie et de Biologie Aquatique
Université de Genève
18 chemin des Clochettes
CH - 1206 GENEVE
SWITZERLAND

    Emmanuel.castella@leba.unige.ch

    tel. + 41 22 379 71 00
fax. + 41 22 789 49 89
web site :
http://leba.unige.ch/emmanuel/index_fr.html

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