Oui, ben j'ai encore sauté une info.
La précision n'est plus ce qu'elle était.
La variable maxdep est :
Q P R J E C D K B A G M L F
H N
7.0 4.5 2.5 6.5 3.0 3.0 2.0 4.5 3.0 3.0 5.0 4.5 4.5 11.0
7.0 2.5
ça donne le nouveau friday87$mil
friday87$mil
pond.area veg.area pH Conduc BOD hardness Alkali Phospha Nitra turbi
maxdep
Q 1380 187 38 215 8 21 2 1 1
0.8 7.0
P 87 35 40 125 7 14 3 1 1
3.6 4.5
R 63 63 42 110 21 15 5 1 1
0.6 2.5
J 472 407 47 150 14 24 2 7 1
1.0 6.5
E 23 23 50 150 15 32 3 6 2
3.0 3.0
C 67 67 55 145 20 26 13 4 4
15.0 3.0
D 100 100 55 150 17 26 13 5 4
10.0 2.0
K 292 38 60 180 35 34 16 3 1
15.0 4.5
B 80 80 65 255 29 50 42 4 2
15.0 3.0
A 72 72 65 295 31 90 42 7 5
20.0 3.0
G 323 227 68 310 34 64 53 8 6
5.5 5.0
M 449 134 68 500 17 84 39 12 1
10.0 4.5
L 438 16 69 460 84 110 86 80 1
60.0 4.5
F 515 25 71 305 26 86 48 8 20 2.5
11.0
H 2000 992 75 300 34 81 51 4 3
5.7 7.0
N 291 229 75 405 73 92 76 23 14
3.0 2.5
Pour vérifier l'identité avec Table 1, p.92
Friday L.E. (1987) The diversity of macro invertebrate and macrophyte
communities in ponds. Freshwater Biology, 18, 87-104
friday87$mil[sort(row.names(friday87$mil)),]
pond.area veg.area pH Conduc BOD hardness Alkali Phospha Nitra turbi
maxdep
A 72 72 65 295 31 90 42 7 5
20.0 3.0
B 80 80 65 255 29 50 42 4 2
15.0 3.0
C 67 67 55 145 20 26 13 4 4
15.0 3.0
D 100 100 55 150 17 26 13 5 4
10.0 2.0
E 23 23 50 150 15 32 3 6 2
3.0 3.0
F 515 25 71 305 26 86 48 8 20 2.5
11.0
G 323 227 68 310 34 64 53 8 6
5.5 5.0
H 2000 992 75 300 34 81 51 4 3
5.7 7.0
J 472 407 47 150 14 24 2 7 1
1.0 6.5
K 292 38 60 180 35 34 16 3 1
15.0 4.5
L 438 16 69 460 84 110 86 80 1
60.0 4.5
M 449 134 68 500 17 84 39 12 1
10.0 4.5
N 291 229 75 405 73 92 76 23 14
3.0 2.5
P 87 35 40 125 7 14 3 1 1
3.6 4.5
Q 1380 187 38 215 8 21 2 1 1
0.8 7.0
R 63 63 42 110 21 15 5 1 1
0.6 2.5
pour la prochaine mise-à-jour.
Merci à Tito de sa vigilance !
D. Chessel
Luis Tito de Morais a écrit :
> Merci à Daniel pour ses réponses toujours précises.
>
> Mais pour reproduire la co-inertie de l'article il me faut aussi la
> variable maximum depth qui est utilisée dans l'article et ne figure pas
> dans (4)=data(friday87).
>
> Avec cette variable, en plus de turbidity je _devrais_ pouvoir
> reproduire l'article à partir de friday87.
>
> Je pourrai ainsi "cloner" Daniel (quelle prétention ;-)
>
> Merci encore
>
> Luis Tito
>
>
> Le mardi 29 août 2006 à 16:51 +0200, Daniel Chessel a écrit :
>
>> Intéressante question de Luis Tito qui m'a obligé à retrouver l'article
>> d'origine.
>>
>> Intéressante parce qu'elle soulève la question de la reproductibilité
>> des articles.
>> En 1994 et en écologie, la question n'était pas posée.
>> L'article de Friday est un exemple d'école de transparebce de données
>> hydrobiologiques.
>> Maintenant les gens sérieux accompagnent leurs articles de tous les
>> éléments pour refaire les calculs.
>> Par exemple voir les [ONLINE REPRODUCIBILITY
>> <http://pbil.univ-lyon1.fr/members/lobry/repro/gene06/>] à
>> http://pbil.univ-lyon1.fr/members/lobry/
>>
>> Il y a 4 objets en cause.
>> 1) les données de l'article de Laurie Friday
>> 2) les données utilisées dans l'article sur la co-inertie
>> 3) les données dans la pile data de ADE-4 classique
>> 4) les données de l'objet friday87 de la librairie ade4
>>
>> 2) 3) et 4) sont extraits au digit près de 1)
>> 3) et 4) sont identiques
>> 3) est contenu dans 2)
>>
>> Les données de 3) pour le milieu reproduise les labels des plans d'eau
>> mais dans le même ordre que pour la faune, ce qui n'est pas le cas de
>> l'article d'origine.
>> Dans 1) on trouve le nombre d'espèces d'invertébrés (qui est un
>> sous-produit du tableau faune), le nombre d'espèces de macrophytes qui
>> doit être un sous produit d'un tableau floristique qui n'est pas
>> disponible, puis
>>
>> "pond.area" "veg.area" "pH" "Conduc" "BOD" "hardness" "Alkali"
>>
>> puis Calcium qui n'a pas été reproduit car non déterminé (not determined n.d.) pour 9 sites
>>
>> puis
>>
>> "Phospha" "Nitra"
>>
>> puis Turbidity qui n'a pas été conservée.
>>
>> Les valeurs de cette variable sont :
>> Q P R J E C D K B A G M L F H N
>> 0.8 3.6 0.6 1.0 3.0 15.0 10.0 15.0 15.0 20.0 5.5 10.0 60.0 2.5 5.7 3.0
>>
>> Donc "No invertebrate taxa" et "No. macrophytes species" ont été écartées comme variable biotiques : on ne conserve que des variables morphométriques et physico-chimiques.
>> Calcium a été écartée à cause des données manquantes.
>> Turbidity pose une question : je ne me rappelle aucune raison pour ne pas avoir inclue cette variable. Peut-être que la mention de l'unité utilisée
>> Formazin units
>> m'était inconnue. Maintenant Google "Formazin units" et on est expert.
>> Avant, pour une faute de frappe, on montrait qu'on parlait de ce qu'on ne connaissait pas.
>> Mais je n'en sais pas plus.
>> C'est même bizarre, parce qu'elle n'est pas particulièrement corrélée à une autre et que c'est une observation classique.
>> Elle figure effectivement dans 4).
>>
>> Donc on la remettra.
>> Tito peux-tu nous dire si, avec cette variable et le jeu de donnée de friday87, tu peux reproduire l'article sur la co-inertie ?
>> merci et vive la reproductibilité !
>>
>> D. Chessel
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> Tito de Morais Luis a écrit :
>>
>>> Bonjour chers "listeurs"
>>>
>>> J'ai voulu refaire pour un étudiant l'exemple de co-inertie décrit page
>>> 283 et suivantes dans le papier "fondateur" Dolédec et Chessel, 1994
>>> dans Freshwater Biol., vol. 31
>>>
>>> Mais je suis un peu perplexe, en effet page 283 il est d'abord question
>>> de "ninety-one taxa and eleven environmental variables" suivi d'une
>>> liste de 12 variables. En revanche dans les traitements qui suivent il
>>> n'est plus question que de 11 variables effectivement (le calcium
>>> "disparaît" entre temps).
>>>
>>> Et dans le jeu de données friday87 qui vient avec ade4 sous R il n'y a
>>> plus que 9 variables environnementales :
>>>
>>>
>>>> names(friday87$mil)
>>>>
>>>>
>>> [1] "pond.area" "veg.area" "pH" "Conduc" "BOD" "hardness"
>>> [7] "Alkali" "Phospha" "Nitra"
>>>
>>> Par rapport aux 11 variables utilisées dans l'article, "maximum depth"
>>> et "turbidity" sont absentes (de même que "calcium").
>>>
>>> Je précise que je n'ai pas l'article d'origine de Friday. Je ne sais
>>> donc pas si l'ensemble des données sont récupérables sur le papier. Mais
>>> quelqu'un pourrait-il me fournir le tableau avec les données
>>> effectivement utilisées dans l'article de Sylvain et Daniel ?
>>>
>>> Par ailleurs pour quelle(s) raison(s) les 3 variables ont-elles été
>>> supprimées dans le jeu friday87 ? Quelqu'un peut-il éclairer ma lanterne
>>> perplexe ?
>>>
>>> Merci beaucoup de vos lumières !
>>>
>>> L. Tito
>>>
>>>
>>
>>
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