Bonjour Prune,
Aucun des deux tableaux dont vous parlez n'est un tableau de contingence. Un tableau de contingence croise typiquement les modalités de deux variables qualitatives.
Vous avez un tableau que l'on peut noter X qui contient des variables décrivant les relevés (en lignes) à l'aide de decripteurs variés (en colonnes) qui présentent différentes structures algébriques (variables qualitatives ou quantitatives), et un tableau de relevés que l'on peut noter Y avec des relevés décrits par la présence/absence d'espèces.
A partir de là, vous pouvez formellement étudier la structure de X, celle de Y (par les lignes ou par les colonnes), et le lien entre X et Y … et là beaucoup de choses sont possibles.
De vos objectifs, vous ne pouvez pas déduire logiquement et donc automatiquement (une simple flèche !) qu'il vous faut utiliser LA méthode untel (sinon les biométriciens ne serviraient à rien et seraient remplacés par des programmes : certains pensent que c’est le cas !). Essayez d'abord de savoir un minimum ce que font les méthodes que vous rencontrez, lisez ce que les gens en font, et essayer de raisonner d'abord en termes de type de traitements (ordination, classification) et de stratégie de traitement. En outre, AFC et ACP cela ne suffit pas à savoir exactement ce que vous allez faire. Si vous parlez d'AFC-programme et d'ACP-programme, il a plusieurs façon de les voir, plusieurs façon de les utiliser, et plusieurs façons d'interpréter les résultats … Par exemple, l’interprétation du scree plot des valeurs propres et de leur somme en AFC diffère totalement selon que vous traitez une véritable table de contingence, ou comme ici un tableau en présence/absence.
Pour traiter les variables de structures algébriques différentes dans une même analyse, vous avez eu une réponse de Stéphane Dray. Celle que vous proposez consiste à changer de structure algébrique : malheureusement, votre idée est la pire et tombe complètement à côté de la plaque : vous confondez le codage de l’information et sa structure algébrique. Recoder numériquement les modalités d’une variable qualitative ne vous autorise nullement à penser que vous en avez modifié la structure algébrique. Additionner des points cardinaux n’a aucun sens …
Donc, ne confondez pas (comme c’est parfois le cas dans certains logiciels !) la structure algébrique d’une variable, et son type informatique … ce sont deux choses différentes.
Ce que vous pouvez faire facilement c’est dégrader une variable quantitative en variable qualitative (par découpage en quelques classes judicieusement choisies) : cela peut présenter des avantages, même si en toute rigueur cela conduit à une perte d’information.
Je pense que les réponses un peu épidermiques d’A.-B. Dufour et J.-R. Lobry viennent de ce que, manifestement, vous n’avez pas consenti le minimum d’effort INDISPENSABLE pour commencer à parler de façon constructive d’écologie statistique.
Donc, prenez quelques bouquins d’analyse de données, lisez un minimum de biblio, ou vous risquez de faire n’importe quoi … et d’exaspérer au passage les membres d’ADElist.
Bon courage, c’est le premier pas qui coûte, et le voyage en vaut la peine !
Cordialement
Philippe
J'ai deux tableaux de contingence,
_ l'un : relevés en lignes et variables en colonnes
Certaines variables sont quantitatives : altitude, pente,…
Tandis que d’autres sont qualitatives : exposition, nature du substrat,…
_ l'autre : relevés en lignes et espèces en colonnes (présence absence)
Mes objectifs sont:
(i) caractériser des groupements d'espèces
(ii) caractériser des types de stations
(iii) caractériser l'écologie de chacun des groupements d’espèces
Ce que je pensais faire :
(i)®afc
(ii)®acp
Pour traiter le tableau relevés/variables dans la même analyse (si déjà cela est possible), est-ce pertinent de transformer l’exposition en var quantitative (N®1, NE®2, E®3,…) et la nature du substrat (grès®1, humus®2, écorce®3) ?
Autrement dit comment caractériser des types de stations d’après des var quali et quanti ?
La différence entre ACP et AFC n’est toujours pas très claire pour moi.
(iii)®afcvi
Est-ce que ma méthode vous semble bonne, sachant que je ne suis pas une grande mathématicienne ?
Merci d’avance
Prune Pellet
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