Comme vous l'avez peut etre remarque, deux nouveaux modules ont fait
leur apparition dans ADE-4. Il s'agit des modules Clusters et Dendrograms.
Ils permettent de faire de la classification automatique et reprennent
les fonctions de MacDendro et GraphMu. Il y a cependant quelques petites
differences.
L'option "Prepare dendrogram" n'est plus necessaire. Les dendrogrames sont
traces directement a partir du fichier de hierarchie. Il y a par contre un
"Prepare convex hulls" qui fournit un fichier qu'on peut utiliser par exemple
dans le module Scatters pour faire des enveloppes convexes sur les plans
factoriels, ou avec Graph1D pour faire des courbes de Gauss par groupes
d'individus (il faut pour cela avoir fait passer ce fichier par l'option
ReadCateg du module CategVar). Les extensions des noms de fichiers indiquant
le type d'algorithme utilise sont, pour des raisons techniques, differentes
de celles de MacDendro.
Il y a quelques avantages interessants:
- pas de limite sur le nombre d'elements, qui est maintenant uniquement
fontion de la memoire disponible... et de la patience de l'utilisateur !
- calculs beaucoup plus rapides (en particulier sur les PowerMacs).
- pas de plantage dans les arbres tordus (complexes) car la partie graphique
a ete entierement refaite.
- le cas particulier des individus identiques est gere correctement, a la
fois dans les calculs et dans les representations graphiques.
Je n'ai par contre pas rajoute d'autres types de distances ni d'autres
types d'algorithmes de classification. Cependant, comme Clusters est
maintenant un module d'ADE-4, ces ajouts seront beaucoup plus aises.
La documentation est en cours de redaction (merci a Daniel Chessel). Elle
apparaitra sur le serveur des qu'elle sera terminee.
Jean
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Jean Thioulouse - Laboratoire de Bio-Pedologie
ORSTOM - BP 1386 - Dakar - Senegal
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