>Quelle est la méthode recomandée pour analyser un tableau binaire
>Présence/Absence ?
L'AFC, qui porte sur l'ordination en fonction des distributions.
cf. doc récente ADE-4 volume 2 p2 et p6 §2
Ensuite classement des sites en fonction de leur score sur le premier axe
de l'AFC qui répartisse au mieux l'ensemble du nuage de points, les tout
premiers axes étant consacrés aux sites où la distribution des espèces est
particulière (notamment présence d'espèces rares).
>Parmi les 140 espèces étudiées, beaucoup n'apparaissent que 2 ou 3 fois sur
>les 100 sites. Est-il possible de traiter cette information, sans pour autant
> que la présence de ces espèce rares ne domine l'analyse et n'occulte des
>ressemblances portant sur des espèces plus communes ?
Lorsque des espèces apparaissent si rarement, elle ne représentent pas une
information quantitative signifiante.
Elles sont donc extraites des tableaux avant traitements complémentaires,
et le choix d'un seuil d'occurence fatidique est l'objet de controverses
(cf. biblio).
Une méthode possible pour éliminer les espèces rares tout en conservant les
espèces écologiquement signifiantes (ex : espèces rares indicatrices d'un
phénomène particulier) est de :
-trier les espèces selon leur abondance par une ACP, dont on ne garde que
le 1er axe
-trier les espèces selon leur distribution par une AFC, dont on ne garde
que le 1er axe
- représenter les espèces sur un graphe, en fonction de leur coordonnée sur
l'axe de l'ACP (abscisses) et de leur coordonnées sur l'axe de l'AFC
(ordonnées). Les espèces situées à l'origine du graphe sont ainsi à la fois
les moins abondantes et celles à distribution la moins particulière.
-éliminer n espèces en partant de l'origine du graphe, selon un cercle de
diamètre à choisir.
Dans tous les cas le choix d'un seuil s'avère de fait arbitraire.
BIBLIOGRAPHIE :
* CLIFFORD (H.T.), STEPHENSON (W.) 1975 : An introduction to numerical
classification ; Academic Press ; New-York.
* STEPHENSON (W.), COOK (S.D.) 1980 : Elimination of species prior to
cluster analysis ; Austr. J. Ecol. ; 5 ; 263-273.
* FIELD (J.G.), CLARKE (K.R.), WARWICK (R.M.) 1982 : A practical strategy
for analysing multispecies distribution patterns ; Mar. Ecol. Prog. Ser. ;
8 ; 37-52.
* FRONTIER (S.) 1983 : Stratégies d'échantillonnage en écologie ;
Collection d'écologie n° 17 ; Masson/Les presses de l'Université Laval ;
494 pp
* DIGBY (P.G.N.), KEMPTON (R.A.) 1987 : Multivariate analysis of ecological
communities ; Population and community biology series ; Chapman & Hall ;
London ; 206 pp
* http://limnologie.univ-lyon1.fr/~baran/these.html (1e partie)
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Eric BARAN
Fish biologist
Labo. d'Ecologie
Bat. 403 R.de C. Universite Lyon-1 Tel: (33) 4 72 43 15 83
69 622 Villeurbanne Cedex FRANCE Fax: (33) 4 72 43 11 41
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