En réponse à la question de Sonia SAID :
Il n'y a pas d'analyses détendancées dans ADE-4
C'est une question de beurre, d'argent et de sourire de la crémière.
Le beurre :
L'AFC a des qualités incontournables d'analyse canonique et une définition universelle limpide depuis
Hirschfeld, H.O. (1935) A connection between correlation and contingency. Proceedings of the Cambridge Philosophical Society, Mathematical and Physical Sciences : 31, 520-524.
ou
Williams, E.J. (1952) Use of scores for the analysis of association in contingency tables. Biometrika : 39, 274-289.
On peut utiliser ses propriétés sur un tableau floro-faunistique (Thioulouse, J. & Chessel, D. (1992) A method for reciprocal scaling of species tolerance and sample diversity. Ecology : 73, 670-680)
Si on s'en tient au théorème de base, le résultat ne dépend pas du programme qu'on utilise et l'usage en est transparent.
L'argent du beurre :
Evidemment l'universalité de la procédure et de ses objectifs a un prix, c'est l'arch effect (Wartenberg, D., Ferson, S. & Ohlf, F.J. (1987) Putting things in order : a critique of detrended correspondence analysis. The American Naturalist : 129, 3, 434-448).
Le sourire de la crémière :
ça serait une procédure universelle (reproductible parce que mathématiquement définie) de double averaging sans arch effect potentiel.
Comme on ne peut tout avoir, je pense qu'il vaut mieux conserver la transparence et abandonner certains objectifs (voir fiche COA : NSCA_Row_Profiles ou Niche : Species Profiles PCA) plutôt que d'introduire du "convenient rescaling" dans l'AFC.
Voilà pourquoi il n'y a pas ces pratiques dans ADE-4.
Rigidité regrettable ? Le débat est ouvert.
>ADE 4.0 fait-il les analyses détendancées ?
Daniel Chessel
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ADE-4 sur Internet ---> http://biomserv.univ-lyon1.fr/ADE-4.html
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