La question de Kent Lofgren a une réponse simple.
Quand on veut superposer les lignes et les colonnes sur une même carte après une AFC, il y a 4 méthodes.
Faire l'AFC de X (COA : COrrespondence Analysis). On obtient X.fcli (coordonnées des lignes) et X.fcco (coordonnées des colonnes). Ajouter DDUtil : Add normed scores sur X.fcvp. On obtient X.fcl1 (scores normalisés des lignes) et X.fcc1 (scores normalisés des colonnes).
1 - Faire Scatters : Labels sur X.fcl1. Les lignes sont positionnées avec des scores de variances unité. Geler les bornes du dessin (cases à cocher de la fenêtre Min&Max), faire New graph au menu file et relancer sur X.fcc0. Faire Copier et Coller sur la première fenêtre. Les deux cartes sont superposées et les colonnes sont à la moyenne des lignes pour leur distribution conditionnelle.
2 - Faire Scatters : Labels sur X.fcc1. Les colonnes sont positionnées avec des scores de variances unité. Geler les bornes du dessin (cases à cocher de la fenêtre Min&Max), faire New graph au menu file et relancer sur X.fcli. Faire Copier et Coller sur la première fenêtre. Les deux cartes sont superposées et les lignes sont à la moyenne des colonnes pour leur distribution conditionnelle.
(voir Oksanen, J. (1987) Problems of joint display of species and site scores in correspondence analysis. Vegetatio : 72, 51-57.)
3 - Faire Scatters : Labels sur X.fcc1 et X.fcl1. Les colonnes sont positionnées avec des scores de variances unité. Geler les bornes du dessin sur des valeurs qui contiennet les deux cartes (cases à cocher de la fenêtre Min&Max), faire New graph au menu file et relancer sur X.fcl1 et X.fcc1. Faire Copier et Coller sur la première fenêtre. Les deux cartes sont superposées et la position des lignes et des colonnes minimise la somme des carrés des distances entre lignes et colonnes (voir Heiser, W.J. (1987) Joint ordination of species ans sites: the unfolding technique. In : Developments in numerical ecology. Legendre, L. & Legendre, P. (Eds.) Springer-Verlag, Berlin, Ecological Sciences, Vol. 14. 189-221).
4 - Faire Scatters : Labels sur X.fcco. Faire Scatters : Labels sur X.fcli. Geler les bornes du dessin sur des valeurs qui contiennet les deux cartes (cases à cocher de la fenêtre Min&Max), faire New graph au menu file et relancer sur X.fcli et X.fcco. Faire Copier et Coller sur la première fenêtre. Les deux cartes sont superposées (cas standard : joint display de Greenacre p. 66).
Les cas 1 et 2 peuvent être détaillés avec ScatterDistri : Frequencies / Stars / Ellipses.
Le cas 4 peut être étendu avec COA : Reciprocal scaling puis ScatterClass : Stars. Dans ce cas les lignes et les colonnes sont à la moyenne des distributions sur l'ensemble des cellules non vides du tableau (voir Thioulouse, J. & Chessel, D. (1992) A method for reciprocal scaling of species tolerance and sample diversity. Ecology : 73, 670-680.)
Cordialement
>I want to performe C.A. with ADE-4 and I want to have both columns profiles
>and row profiles in the map. And I would like to have the columns in vertex
>positions (See Greenacre 1993, where vertex points are described as points
>that "...define the extremes of the profile space", page 13). How do I
>analyse my data in this way, with ADE-4?
>I have read the ADE manuals, but I fail to see how to create a data file
>with the adequate, non-symmetric coordinates. But, I understand that the
>graphical "tool" is ScatterClass, since both rows and columns are in the
>figure (The tool "Scatters" plots rows OR columns, not both).
Daniel Chessel
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Universite Lyon 1 - Bat 401C - 69622 Villeurbanne CEDEX - France
Tel : 04 72 44 82 77 Fax : 04 72 43 11 41
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ADE-4 sur Internet ---> http://biomserv.univ-lyon1.fr/ADE-4.html
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