Pierre Molina demande s'il y a une version détendancée de l'ACP dans ADE-4.
La réponse est non. Il n'y en a pas et il n'y en aura pas.
Pas plus que d'AFC détendancée, que d'ACC détendancée, ...
Les versions détendancées ont un succès considérable chez les écologistes,
succès qui est le reflet d'une problématique purement utilitaire de
l'analyse des données. Cette problématique est légitime à court terme mais
a des conséquences funestes sur le fond.
S'il y a un jour une solution mathématique à la question de l'arch effect,
particulièrement sévère dans une une analyse en coordonnée principale à
partir d'une matrice de similarité, elle sera dans ADE-4. Mais comme
l'introduction de la procédure numérique d'élimination de l'effet invalide
les théorèmes qui définissent la méthode on a le choix entre avoir des
théorèmes et un effet indésirable ou ni l'un ni l'autre. C'est la première
solution qui a été retenue.
Pour les suggestions, je crois qu'il faut se poser la question de la nature
du tableau stations-espèces. Il y a une vingtaine d'année, un tableau était
constitué à la fin d'un long processus d'expertise, par exemple de la
végétation d'une région, pour rendre compte de cette expertise. Chaque
station était choisie pour sa représentativité (il y en a plusieurs de ce
type) ou de sa "pureté" (ici, il n'y a pas eu de perturbation depuis
longtemps,...). L'analyse vise à donner un cadre d'expression à la synthèse
de l'expert. Ensuite on a introduit un tableau de variables de milieu en
parallèle, puis on a introduit un programme d'échantillonnage
spatio-temporel qui donne trois tableaux (sites-espèces, sites-milieu et
sites-contrôle expérimental). Ensuite on a introduit des connaissances
extérieures sur les espèces, leurs valeurs indicatrices, leurs
caractéristiques phylogéniques ou biologiques (implicites ou explicites)
puis on a introduit des objectifs de plus en plus précis et des hypothèses
sur des modèles plus ou moins complexes, ... Enfin les contraintes
numériques d'acquisition sont très variées suivant les milieux, les
groupes, les niveaux de détermination.
De cette diversité ressort qu'il est bien imprudent de faire des
suggestions sans en savoir plus. Mais le débat est ouvert.
>J'aimerai savoir si un des modules d'ADE-4 produit une analyse PCA
>détendancée. Le but de cette analyse serait de minimiser l'effet d'arche
>produit par une analyse en coordonnée principale à partir d'une matrice
>de similarité. Mes descripteurs sont des espèces et les objets sont des
>stations.
>
>Merci pour vos suggestions
>
>
>
>Pierre Molina
>molinap@ere.umontreal.ca
Daniel Chessel
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Tel : 04 72 44 82 77 Fax : 04 72 43 11 41
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