Bonjour a tous
La derniere question de Marc Deconchat est tres interessante.
Je suis actuellement confronte au meme probleme sur des donnees
epidemiologiques animales.
La question etait la suivante:
>>>
J'ai fais la reponse suivante a un collegue (voir question en fin de
message), je la poste sur le forum pour avoir confirmation de la pertinence
de ce conseil et pour raviver nos discussions qui se calment au fur et a
mesure que la temperature augmente et que le mondial approche.
D'apres moi, une facon de faire serait:
1 faire une base orthonormee a partir de ta variable d'altitude (dans un
tableau a une colonne) en prenant comme ponderation des lignes celles
isssues de l'AFC (*.fcpl) avec Projectors/table->orthonormal basis
2 faire une base orthonormee a partir de l'ACP des variables
(altitudes+occupation du sol) avec ponderation AFC. Si tu as deja fait une
AFCVI, ce fichier (*.@ob) a deja ete cree lors de l'initialisation. Sinon,
tu peux le creer avec projectors/triplet->orthonormal basis ou avec
CCA/initialize
3 Ce qu'il te faut maintenant, c'est une base orthonormale du second
tableau sachant l'altitude
Pour cela, il faut combiner les deux bases (Projectors/combine 2 ortho
basis) avec les deux *.@ob en entree et en sauvant X/Y ou Y/X selon l'ordre
d'entree des fichiers.
4 Tu realises ensuite l'AFCVI avec ce sous espace (ocuupation sachant
altitude), tout comme tu l'avais faite avec celui issu de l'ACP.
Je pense que si tu fais l'ACP des variables sans l'altitude, et que tu
combines la base issue de ce triplet avec celui fait avec l'altitude, tu
obtiendras le meme resultat, mais cela necessite une etape de plus,
puisqu'il faut que tu refasses une ACP.
Je me demande si la structure particuliere de tes variables (la somme d'une
ligne fait 100%) ne necessite pas une analyse specifique ou une
interpretation. Ces 15 variables representent finalament "une seule"
information, un paysage. Peut-etre qu'une variable "synthetique", issue
d'un classement par exemple serait plus pratique...Voir peut-etre le
message de Chessel "Re: AFM sur tableaux mixtes, suite" du lundi 04/05/98.
Pour confirmation, je fais passer le message sur le forum.<<<<
Juste un detail a la suite de cette question. Sur cet exemple, pour
"coller" a l'exemple de la fiche "projectors combine 2 orthonormal basis":
on aurait X=la base orthonormee engendree par la variable altitude et Y la
base orthonormee engendre par les variables "occupation du sol" (NON
COMPRIS l'altitude). Non?
Est ce equivalent (j'avoue ne pas avoir encore essaye) a la manip suivante:
on fait une AFC du tableau faunistique, puis une AFCVI orthogonale sur la
variable altitude (ponderation AFC), on retient tous les facteurs (.ivli),
puis on fait une ACP du tableau occupation du sol (avec ponderation AFC)
puis une ACPVI du tableau des facteurs (.ivli) sur le tableau occupation du
sol avec toujours ponderation de l'AFC. Je crains que ca ne soit du
bricolage par rapport a la premiere proposition (qui est de toute maniere
plus courte et plus elegante) ????
TILLARD Emmanuel
CIRAD-EMVT
Ligne Paradis
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