Luc Barbaro pose une question qui renvoie à l'analyse d'un triplet de tableaux :
>Je cherche à coupler avec le module CoInertia une AFC non symétrique sur
>les profils stations avec un tableau de variables de milieu en catégories,
>et une AFC non symétrique sur les profils espèces avec un tableau de traits
>biologiques.
Si L (Link) est le tableau faunistique on peut l'analyser tout seul avec une
AFC ou deux ANSC. L'AFC considère avec une symétrie parfaite les stations et
les espèces, tandis que les deux ANSC feront la typologie des stations par
les espèces et la typologie des espèces par les stations. Si R (mode R) est
le tableau stations-variables, on peut faire son ACM. Si Q est le tableau
(mode Q) espèces-traits, on peut son ACM ou son ACM floue. Si on a L et R
seulement, il est logique de coupler une analyse de L et une analyse de R
compatibles par une analyse de co-inertie. Si on a L et Q seulement il est
logique de coupler une analyse de Lt (transposée) et une analyse de Q
compatibles par une analyse de co-inertie.
Quand on a L, R et Q on risque d'être débordé par les fichiers produits par
deux analyses de co-inertie qui suppose qu'on réfléchisse sur 4 analyses de
base et deux couplages. Le plus simple est de partir de l'AFC de L et des
deux ACM de R et Q (pondérées par les poids des lignes et des colonnes de L)
et de coupler les trois tableaux par une analyse RLQ (Dolédec, S., Chessel,
D., Ter Braak, C.J.F. & Champely, S. (1996) Matching species traits to
environmental variables: a new three-table ordination method. Environmental
and Ecological Statistics : 3, 143-166).
Initier le triplet par RLQ: Prepare RLQ analysis
Tester le triplet par RLQ: RLQ test - Fixed L
Commencer l'analyse par RLQ: Diagonalize
Interpréter par RLQ: Coinertia analysis
Précisions et exemples dans la doc du module RLQ et la fiche Thema44 qui
reprennent l'exemple de l'article cité.
Il est théoriquement possible d'étendre l'analyse des triplets de tableaux à
d'autres stratégies mais pour le moment nous pensons que la présence de R et
Q des deux côtés rétablit la symétrie et replace l'AFC au centre du débat.
>Quelle serait la démarche à suivre ?
>Je suppose qu'il faut utiliser le fichier .zrpl pour pondérer les lignes
>dans l'ACM préliminaire du tableau des variables ?
>Quelles seraient les précautions à prendre dans l'interprétation ?
Cela simplifie les questions des associations de poids.
Si on y tient la meilleure analyse de co-inertie du type ANSC et ACP/ACM/ACF
est directement programmée dans le module Niche :
Préparer le couplage par Niche: Link triplet-table
Tester par Niche: Permutation Test
Analyser par Niche: OMI Analysis
Voir doc de Niche et Thema47.
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77
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