Emmanuel Castella (Emmanuel.castella@leba.unige.ch)
m'envoie une question qui vaut un coup d'oeil. Je la diffuse :
>J'ai également une question que je n'ai pas envoyée sur le forum, ne
>sachant pas si elle ne contenait pas un problème de compréhension de ma
>part. Diffuse la si elle est d'intéret général.
>
>J'ai un tableau espèces (colonnes) x relevés (lignes) dont la
>description en ACP me parait plus pertinente qu'en AFC. Je souhaite
>coupler (Co-inertie) cette vision ACP du tableau avec l'ACM floue d'un
>tableau de traits écologiques des espèces. Comment conserver la vision
>ACP centrée par espèces du tableau de faune dans le couplage qui
>s'effectue par les lignes (espèces)? J'ai tenté de rentrer dans la
>coinertie après avoir fait Triplet Transpose sur l'ACP de la faune mais
>cela plante dans Coinertia analysis après avoir demandé le nombre
>d'axes. J'ai pris soin de veiller à ce que les pondérations-ligne des
>deux tableaux soient identiques même après la transposition du triplet
>de l'ACP.
Emmanuel est un champion de l'enchaînement des modules d'ADE-4 mais là ça a
planté.
Mais il ne s'en ait pas fallu de beaucoup.
Les options de niveau 1 (analyses simples) constituent des triplets
statistiques
- fichier .xxta le tableau transformé
- fichier .xxpl poids des lignes
- le fichier .xxpc poids des colonnes
- le fichier .xxpa paramètres
puis les analyses immédiatement et donnent
- le fichier .xxvp (valeurs propres)
- le fichier .xxli (coordonnées des lignes)
- le fichier .xxco (coordonnées des colonnes)
- le fichier .xxpa est modifié (nb de lignes, nb de colonnes, nb de
facteurs, inertie totale)
Dans DDUtil: Triplet Transpose on permute lignes et colonnes et on recrèe
un triplet mais sans l'analyser.
CoInertia: Coinertia analysis ne trouvera pas les fichiers .xxvp, ... et
comme il n'y a pas de test d'existence (il devrait !) ça plante.
Il suffisait de passer DDUtil: Diagonalization sur le tableau transposé
pour que ça marche.
Le plus simple aurait été de prendre directement le tableau espèces-relevés
et de le passer dans HTA: Row centring
La coinertie n'aurait pas poser de problèmes.
Autre solution :
MCA: Fuzzy Correspondence Analysis sur le tableau espèces-traits ou
PCA: Fuzzy PCA sur le même tableau
Bin->Bin: Centring sur le tableau relevés - espèces (centrage par espèces,
donne Fau0)
FilesUtil: Transpose sur Fau0, donne FauTR (tableau espèces-relevés centré
par espèces)
PCA: Non centred PCA sur FauTR
CoInertia: Matching two statistical triplets sur les deux triplets analysés
A vérifier
Cordialement
Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - Bât 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77
This archive was generated by hypermail 2b30 : Sat Feb 10 2001 - 10:36:02 MET