>La question de Christian BARNABE revient régulièrement et a pour thème
>"quels liens peut-on faire entre génétique et analyse des données ?". Il
>est normal que cette question arrive sur ce forum.
>
>Il faut savoir que c'est une question ouverte. L'articulation entre les
>deux langages n'est pas faite. Cela se voit sur le message dans le lien
>entre le terme fingerprinting a locus independants et MCA. Si l'allèle
>utilisé dans un locus est indépendant de l'allèle utilisé dans un autre
>(chromosomes différents ou distances importantes sur le même chromosome), a
>priori l'analyse des correspondances multiples destinée à faire le bilan
>des corrélations entre modalités de variables différentes n'a pas
>d'intérêt....
Je remercie Monsieur Chessel de sa reponse rapide et tres documentee et je
constate avec plaisir
qu'il y aura du nouveau dans l'avenir (nouvelle doc_thema). Pour ma part,
je suis tres interesse
par des arbres NJ dans le module cluster.
Cependant, au sujet de votre texte ci-dessus, ne pensez-vous pas qu'il est
au contraire interessant de mesurer le degre de correlation de modalite a
modalite sur plusieurs locus (les variables) car c'est selon moi une autre
facon de mesurer le desequilibre de liaison entre locus et donc d'inferer
un certain nombre de choses sur le niveau de recombinaison des populations
etudiees (isolement genetique, structuration spatiale, autofecondation,
clonalite etc...), surtout dans le cas des haploides pour lesquels les
indices Fst par exemple ne sont pas applicables.
Pour ma part, j'ai utilise des approches phylogenetiques classiques
(distances, methodes de parcimonie) et la MCA sur la meme serie de donnees
isoenzymatiques et les resultats semblent parfaitement congruents.
BARNABE Christian
CEPM, Centre IRD de Montpellier (ex-ORSTOM)
911, Avenue Agropolis, BP 5045
34032 Montpellier Cedex 1,
France
Tel: (33) 4 67 41 62 72
Fax:(33) 4 67 41 62 99
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