Table 3. Current genome mispairing between members of Agrobacterium spp. determined by AFLP. TT111 S56 S4 S377 ATCC CIP CIP CIP CIP CIP ATCC ATCC NCPPB Zutra RV3 Zutra NCPPB C58 T37 TT9 Mushin Hayw. Hayw. AF3.44 Fb33 Fb72 LMG SCRI CFBP CFBP CFBP CFBP 4720 497-74 28-75 127-76 43-76 111-78 23308 19358 925 F/1 3/1 1641 6 0362 0363 17935 551 2617 2678 2736 2408 TT111 155 0.081 0.083 0.033 0.030 0.148 0.152 0.170 0.156 0.200 0.141 0.165 0.153 0.163 0.174 0.184 0.178 0.185 0.192 0.181 0.194 0.184 0.168 0.191 0.179 0.190 0.211 0.210 0.200 0.209 0.211 0.205 S56 84 180 0.033 0.074 0.080 0.152 0.153 0.165 0.173 0.178 0.152 0.166 0.175 0.180 0.171 0.153 0.169 0.158 0.169 0.167 0.173 0.165 0.161 0.183 0.176 0.177 0.168 0.175 0.182 0.224 0.212 0.192 S4 76 130 153 0.079 0.072 0.150 0.154 0.156 0.169 0.169 0.165 0.188 0.171 0.176 0.180 0.158 0.168 0.154 0.165 0.162 0.172 0.161 0.159 0.209 0.181 0.183 0.172 0.177 0.186 0.223 0.221 0.193 S377 119 89 78 149 0.025 0.156 0.165 0.175 0.157 0.183 0.146 0.150 0.154 0.165 0.172 0.166 0.180 0.171 0.187 0.183 0.192 0.180 0.166 0.193 0.183 0.189 0.221 0.196 0.195 0.228 0.220 0.217 ATCC 4720 122 84 83 124 149 0.156 0.165 0.169 0.159 0.177 0.143 0.161 0.157 0.168 0.175 0.172 0.173 0.177 0.191 0.183 0.196 0.183 0.158 0.222 0.198 0.200 0.226 0.196 0.199 0.212 0.220 0.217 CIP 497-74 35 36 34 31 31 145 0.080 0.089 0.081 0.202 0.168 0.172 0.186 0.185 0.193 0.207 0.201 0.176 0.182 0.178 0.177 0.179 0.174 0.185 0.197 0.192 0.195 0.207 0.177 0.179 0.187 0.206 CIP 28-75 35 37 34 29 29 77 159 0.088 0.086 0.173 0.161 0.161 0.167 0.168 0.175 0.166 0.186 0.163 0.176 0.182 0.177 0.179 0.155 0.182 0.196 0.199 0.195 0.206 0.184 0.189 0.187 0.214 CIP 127-76 25 29 30 23 25 64 68 130 0.074 0.202 0.177 0.194 0.175 0.176 0.193 0.185 0.189 0.169 0.182 0.185 0.196 0.205 0.184 0.185 0.182 0.177 0.191 0.208 0.168 0.168 0.172 0.217 CIP 43-76 30 26 25 29 28 69 69 70 128 0.178 0.170 0.170 0.178 0.180 0.184 0.202 0.189 0.182 0.194 0.197 0.195 0.185 0.169 0.168 0.197 0.195 0.205 0.213 0.190 0.193 0.179 0.202 CIP 111-78 17 25 26 21 23 16 25 15 21 137 0.166 0.169 0.173 0.182 0.169 0.175 0.156 0.155 0.170 0.173 0.175 0.187 0.179 0.183 0.203 0.202 0.212 0.225 0.182 0.200 0.202 0.189 ATCC 23308 37 35 27 34 35 25 29 21 23 25 133 0.070 0.157 0.156 0.147 0.161 0.160 0.167 0.151 0.166 0.161 0.155 0.161 0.200 0.217 0.215 0.222 0.205 0.218 0.231 0.235 0.208 ATCC 19358 26 28 19 31 27 23 28 16 22 23 72 122 0.166 0.174 0.141 0.158 0.149 0.170 0.153 0.156 0.161 0.155 0.158 0.202 0.231 0.230 0.226 0.228 0.189 0.205 0.232 0.221 NCPPB 925 32 26 25 31 30 20 27 22 21 23 28 24 137 0.049 0.156 0.175 0.164 0.148 0.149 0.158 0.156 0.187 0.190 0.193 0.217 0.211 0.189 0.183 0.200 0.232 0.236 0.196 Zutra F/1 25 22 21 24 23 18 24 19 18 18 25 19 83 105 0.159 0.169 0.186 0.148 0.139 0.154 0.155 0.171 0.199 0.223 0.234 0.219 0.188 0.189 0.180 0.206 0.235 0.216 RV3 23 26 21 23 22 17 23 16 18 23 30 31 27 23 120 0.130 0.110 0.161 0.161 0.165 0.166 0.160 0.136 0.163 0.176 0.178 0.208 0.206 0.181 0.179 0.176 0.196 Zutra 3/1 20 33 28 25 23 14 26 18 14 21 25 25 21 20 35 120 0.122 0.140 0.149 0.156 0.148 0.149 0.158 0.175 0.183 0.174 0.177 0.221 0.205 0.183 0.192 0.205 NCPPB 1641 23 28 26 22 24 16 21 18 18 29 27 30 26 17 47 41 136 0.155 0.154 0.158 0.151 0.167 0.165 0.186 0.180 0.186 0.207 0.210 0.192 0.209 0.201 0.172 C58 22 34 33 26 24 24 30 25 21 31 26 24 34 30 27 35 31 152 0.080 0.084 0.067 0.153 0.158 0.177 0.159 0.157 0.179 0.209 0.173 0.177 0.185 0.192 T37 18 27 26 19 18 20 23 19 16 23 29 27 30 30 24 28 28 70 123 0.019 0.052 0.150 0.156 0.186 0.195 0.186 0.178 0.211 0.182 0.188 0.185 0.189 TT9 22 29 28 21 21 22 22 19 16 23 25 27 28 26 24 27 28 70 113 135 0.050 0.156 0.159 0.182 0.187 0.182 0.185 0.214 0.181 0.191 0.180 0.185 Mushin 6 18 26 24 18 17 22 23 16 16 22 26 25 28 25 23 29 30 81 84 89 129 0.152 0.149 0.169 0.166 0.161 0.183 0.213 0.180 0.189 0.191 0.203 Hayward 0362 22 31 30 23 22 23 24 15 20 20 30 29 20 22 27 31 26 33 31 30 31 149 0.103 0.193 0.160 0.161 0.175 0.196 0.188 0.203 0.220 0.195 Hayward 0363 26 31 29 26 29 23 31 19 23 21 26 26 18 14 34 26 25 29 27 27 30 56 131 0.172 0.161 0.162 0.222 0.196 0.203 0.207 0.210 0.187 AF3.44 21 25 16 20 13 22 24 21 26 22 17 16 19 11 27 23 21 25 20 22 26 20 25 161 0.096 0.100 0.184 0.185 0.202 0.171 0.168 0.178 Fb33 24 27 23 22 18 18 19 21 17 16 13 10 13 9 22 20 22 31 17 20 26 30 28 67 151 0.021 0.175 0.209 0.203 0.174 0.185 0.212 Fb72 20 26 22 20 17 19 18 22 17 16 13 10 14 11 21 22 20 31 19 21 27 29 27 63 127 145 0.167 0.222 0.202 0.164 0.183 0.202 LMG 17935 14 28 24 12 11 17 18 17 14 13 11 10 18 16 13 20 14 22 20 19 19 23 11 21 23 25 129 0.163 0.198 0.212 0.221 0.191 SCRI 551 16 28 25 19 19 16 17 15 14 12 16 11 22 18 15 12 15 16 14 14 14 19 18 23 16 13 28 161 0.181 0.183 0.184 0.188 CFBP 2617 18 25 22 19 18 24 23 26 19 22 13 19 17 20 21 15 19 26 21 22 22 21 16 18 17 17 17 24 156 0.082 0.077 0.193 CFBP 2678 15 13 12 11 14 22 20 24 17 16 10 14 10 13 20 19 14 23 18 18 18 16 14 26 24 27 13 22 73 137 0.038 0.205 CFBP 2736 14 15 12 12 12 19 20 22 20 15 9 9 9 8 20 16 15 20 18 20 17 12 13 26 20 20 11 21 74 99 127 0.198 CFBP 2408 17 22 20 14 14 16 15 13 16 20 15 12 18 12 17 15 25 20 19 21 16 19 20 25 15 17 19 22 20 16 17 157 Upper right semi-triangular matrix: current genome mispairings (dJxy). Data on the diagonal: combined number of AFLP fragments obtained with EcoRI/MseI conditions EcoRI+CA / MseI+0, EcoRI+CC / MseI+0, EcoRI+CG / MseI+0, and EcoRI+CT / MseI+0. Lower semi-triangular matrix: combined number of common AFLP fragments between pairs of strains.