Analyse de données structurées

Analyse de données structurées

Une vue d'ensemble des méthodes linéaires d'ordination.

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/tdr6.html Version : 09.12.14]



 telecharger le pdf

 Ref : ter3 Taille : 2317 ko  Version : 09.12.14 (3373 jours)

Le couplage de tableaux écologiques

Cette fiche illustre l'utilisation des principales méthodes de couplage en écologie. Elle s'appuie essentiellement sur l'utilisation du paquet ade4.


 telecharger le pdf

 Ref : tdr621 Taille : 485 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

Les analyses en composantes principales inter et intra classes

Analyses sur données environnementales recueillies dans 5 stations à 4 dates différentes (une par saison). Cette fiche s'appuie sur la fiche thématique 2.6. d'ADE-4 classique réalisée par S. Dolédec et D. Chessel.


 telecharger le pdf

 Ref : tdr623 Taille : 551 ko  Version : 05.11.16 (2676 jours)

Pratique de l'AFC inter-intra sur données génomique

Analyse de la variabilité de l'usage du code du point de vue synonyme et non synonyme pour 739 génomes bactériens. Les AFC inter et intra permettent de décomposer une problématique en sous problématiques plus faciles à interpréter.



 telecharger le pdf

 Ref : tdr624 Taille : 829 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

Pratique de l'AFC discriminante sur données protéomiques et génomiques

L'analyse factorielle des correspondances discriminante permet d'augmenter le pouvoir de résolution pour discriminer entre des groupes d'individus. On voit ici deux applications, une au niveau protéique et une au niveau nucléique.



 telecharger le pdf

 Ref : tdr54 Taille : 1076 ko  Version : 18.02.17 (2571 jours)

Extensions de l'analyse discriminante linéaire

L'analyse discriminante linéaire classique s'étend à tout type de variables. On examine ici quelques éléments théoriques. Nombre d'individus, nombre de variables et nombre de groupes. Matrice singulière et effet taille. Discrimination sur une variable qualitative (AFC). Discrimination et analyse des correspondances multiples. Analyse discriminante des correspondances. Illustrations.



 telecharger le pdf

 Ref : tdr64 Taille : 1144 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

La co-structure de deux nuages de points

La fiche introduit à l'usage de l'analyse de co-inertie. On définit cette notion à partir des rotations procustéennes. La co-inertie désigne une classe d'analyse de couples de tableaux. Pour deux ACP on a l'analyse inter-batterie des psychométriciens (Tucker 1958). Pour deux ACM on retrouve l'analyse canonique sur variables qualitatives de Cazes (1980). L'analyse des correspondances d'un tableau de profils écologiques (Romane 1972) en fait partie. La CCA est une méthode voisine mais en diffère par les contraintes sous-jacentes.



 telecharger le pdf

 Ref : tdr641 Taille : 579 ko  Version : 20.02.17 (2569 jours)

Analyse de co-inertie sur données simulées et sur données protéomiques

Pratique de l'analyse de co-inertie sur un jeu de données simulées et sur un vrai jeu de données concernant la composition du protéome de Escherichia coli et les propriétés physico-chimiques des 20 acides aminés.



 telecharger le pdf

 Ref : tdr65 Taille : 390 ko  Version : 12.10.17 (2335 jours)

Variables instrumentales

La fiche introduit à l'usage de l'ACP sur variables instrumentales et de l'analyse canonique des correspondances ou AFC sur variables instrumentales. Elle donne des points de comparaison avec l'analyse canonique et l'analyse inter-batteries.


 telecharger le pdf

 Ref : tdr66 Taille : 346 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

Avifaune de Tarentaise : Introduction

Correspondances multiples et variables de milieu. Correspondances simples et tableau d'avifaune.


 telecharger le pdf

 Ref : tdr68 Taille : 727 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

L'ordination simultanée de plusieurs tableaux

Des exemples, l'importance des objectifs, structure de K-tableaux et analyses séparées. Approche élémentaire des cubes. Compromis : calcul et analyse par STATIS. Compromis : sa constitution dans l'AFM, la co-inertie multiple.


 telecharger le pdf

 Ref : ter7 Taille : 531 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

Introduction à l'analyse RLQ

La fiche présente les principes d'une méthode d'analyse à trois tableaux utilisant un tableau d'AFC comme lien entre deux tableaux quelconques. La mise en oeuvre de la fonction rlq de la librairie ade4 est détaillée.


 telecharger le pdf

 Ref : tdr69 Taille : 2210 ko  Version : 05.11.13 (3772 jours)

Introduction à la classification

La fiche donne les principes généraux de la classification automatique. L'essentiel est consacré à la description des fonctions hclust et kmeans dans Rlogo

logo UCBL logo UCBL logo UCBL