Analyse de données structurées

Analyse de données structurées

Une vue d'ensemble des méthodes linéaires d'ordination.

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/tdr6.html Version : 05.11.13]



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 Ref : ter3 Taille : 2317 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Le couplage de tableaux écologiques

Cette fiche illustre l'utilisation des principales méthodes de couplage en écologie. Elle s'appuie essentiellement sur l'utilisation du paquet ade4.


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 Ref : tdr621 Taille : 485 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Les analyses en composantes principales inter et intra classes

Analyses sur données environnementales recueillies dans 5 stations à 4 dates différentes (une par saison). Cette fiche s'appuie sur la fiche thématique 2.6. d'ADE-4 classique réalisée par S. Dolédec et D. Chessel.


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 Ref : tdr623 Taille : 411 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Pratique de l'AFC inter-intra sur données génomique

Analyse de la variabilité de l'usage du code du point de vue synonyme et non synonyme pour 739 génomes bactériens. Les AFC inter et intra permettent de décomposer une problématique en sous problématiques plus faciles à interpréter.



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 Ref : tdr624 Taille : 829 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Pratique de l'AFC discriminante sur données protéomiques et génomiques

L'analyse factorielle des correspondances discriminante permet d'augmenter le pouvoir de résolution pour discriminer entre des groupes d'individus. On voit ici deux applications, une au niveau protéique et une au niveau nucléique.



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 Ref : tdr63 Taille : 1185 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Analyse discriminante linéaire

La fiche introduit à l'usage de la MANOVA et de l'analyse discriminante. Les iris de Fisher. La variable discriminante. Comparaison de lda dans MASS et discrimin dans ade4. Tests classiques de signification. Discrimination descriptive et discrimination prédictive.



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 Ref : tdr54 Taille : 1292 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Extensions de l'analyse discriminante linéaire

L'analyse discriminante linéaire classique s'étend à tout type de variables. On examine ici quelques éléments théoriques. Nombre d'individus, nombre de variables et nombre de groupes. Matrice singulière et effet taille. Discrimination sur une variable qualitative (AFC). Discrimination et analyse des correspondances multiples. Analyse discriminante des correspondances. Illustrations.



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 Ref : tdr64 Taille : 1144 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

La co-structure de deux nuages de points

La fiche introduit à l'usage de l'analyse de co-inertie. On définit cette notion à partir des rotations procustéennes. La co-inertie désigne une classe d'analyse de couples de tableaux. Pour deux ACP on a l'analyse inter-batterie des psychométriciens (Tucker 1958). Pour deux ACM on retrouve l'analyse canonique sur variables qualitatives de Cazes (1980). L'analyse des correspondances d'un tableau de profils écologiques (Romane 1972) en fait partie. La CCA est une méthode voisine mais en diffère par les contraintes sous-jacentes.



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 Ref : tdr641 Taille : 563 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Analyse de co-inertie sur données simulées et sur données protéomiques

Pratique de l'analyse de co-inertie sur un jeu de données simulées et sur un vrai jeu de données concernant la composition du protéome de Escherichia coli et les propriétés physico-chimiques des 20 acides aminés.



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 Ref : tdr65 Taille : 400 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Variables instrumentales

Analyse canonique et analyse des correspondances. Analyse canonique et inter-batteries de Tucker. Composantes principales et variables instrumentales. Interprétation d'une ACPVI. Analyse des correspondances sur variables instrumentales. Interprétation d'une AFCVI. Problème : une enquête phyto-écologique


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 Ref : tdr66 Taille : 346 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Avifaune de Tarentaise : Introduction

Correspondances multiples et variables de milieu. Correspondances simples et tableau d'avifaune.


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 Ref : tdr68 Taille : 727 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

L'ordination simultanée de plusieurs tableaux

Des exemples, l'importance des objectifs, structure de K-tableaux et analyses séparées. Approche élémentaire des cubes. Compromis : calcul et analyse par STATIS. Compromis : sa constitution dans l'AFM, la co-inertie multiple.


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 Ref : ter7 Taille : 531 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Introduction à l'analyse RLQ

La fiche présente les principes d'une méthode d'analyse à trois tableaux utilisant un tableau d'AFC comme lien entre deux tableaux quelconques. La mise en oeuvre de la fonction rlq de la librairie ade4 est détaillée.


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 Ref : tdr69 Taille : 2210 ko  Version : 05.11.13 (329 jours)

Introduction à la classification

La fiche donne les principes généraux de la classification automatique. L'essentiel est consacré à la description des fonctions hclust et kmeans dans Rlogo