Analyse de données structuréesUne vue d'ensemble des méthodes linéaires d'ordination.[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/tdr6.html Version : 18.09.12] |  |
Le couplage de tableaux écologiques Cette fiche illustre l'utilisation des principales méthodes de couplage en écologie. Elle s'appuie essentiellement sur l'utilisation du paquet |
Les analyses en composantes principales inter et intra classes Analyses sur données environnementales recueillies dans 5 stations à 4 dates différentes (une par saison). Cette fiche s'appuie sur la fiche thématique 2.6. d'ADE-4 classique réalisée par S. Dolédec et D. Chessel. |
Pratique de l'AFC inter-intra sur données génomique Analyse de la variabilité de l'usage du code du point de vue synonyme et non synonyme pour 739 génomes bactériens. Les AFC inter et intra permettent de décomposer une problématique en sous problématiques plus faciles à interpréter. |  |
Pratique de l'AFC discriminante sur données protéomiques et génomiques L'analyse factorielle des correspondances discriminante permet d'augmenter le pouvoir de résolution pour discriminer entre des groupes d'individus. On voit ici deux applications, une au niveau protéique et une au niveau nucléique. |  |
Analyse discriminante linéaire La fiche introduit à l'usage de la MANOVA et de l'analyse discriminante. Les iris de Fisher. La variable discriminante. Comparaison de |  |
Extensions de l'analyse discriminante linéaire L'analyse discriminante linéaire classique s'étend à tout type de variables. On examine ici quelques éléments théoriques. Nombre d'individus, nombre de variables et nombre de groupes. Matrice singulière et effet taille. Discrimination sur une variable qualitative (AFC). Discrimination et analyse des correspondances multiples. Analyse discriminante des correspondances. Illustrations. |  |
La co-structure de deux nuages de points La fiche introduit à l'usage de l'analyse de co-inertie. On définit cette notion à partir des rotations procustéennes. La co-inertie désigne une classe d'analyse de couples de tableaux. Pour deux ACP on a l'analyse inter-batterie des psychométriciens (Tucker 1958). Pour deux ACM on retrouve l'analyse canonique sur variables qualitatives de Cazes (1980). L'analyse des correspondances d'un tableau de profils écologiques (Romane 1972) en fait partie. La CCA est une méthode voisine mais en diffère par les contraintes sous-jacentes. |  |
Analyse de co-inertie sur données simulées et sur données protéomiques Pratique de l'analyse de co-inertie sur un jeu de données simulées et sur un vrai jeu de données concernant la composition du protéome de Escherichia coli et les propriétés physico-chimiques des 20 acides aminés. |  |
Variables instrumentales Analyse canonique et analyse des correspondances. Analyse canonique et inter-batteries de Tucker. Composantes principales et variables instrumentales. Interprétation d'une ACPVI. Analyse des correspondances sur variables instrumentales. Interprétation d'une AFCVI. Problème : une enquête phyto-écologique |
Avifaune de Tarentaise : Introduction Correspondances multiples et variables de milieu. Correspondances simples et tableau d'avifaune. |
L'ordination simultanée de plusieurs tableaux Des exemples, l'importance des objectifs, structure de K-tableaux et analyses séparées. Approche élémentaire des cubes. Compromis : calcul et analyse par STATIS. Compromis : sa constitution dans l'AFM, la co-inertie multiple. |
Introduction à l'analyse RLQ La fiche présente les principes d'une méthode d'analyse à trois tableaux utilisant un tableau d'AFC comme lien entre deux tableaux quelconques. La mise en oeuvre de la fonction |