Description statistique des structures biologiques

Un cours d'analyse des données en biologie évolutive.

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/cssb.html Version : 09.12.14]

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Préparer des données

La fiche introduit un cours d'analyse des données en biologie évolutive animé sur des ordinateurs prmettant l'usage de {Rlogo}. On commence par quelques exemples d'installation de données. On utilisera ensuite des données disponibles dans les séries http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps1.html et suivantes.

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Voir les données

Faire des représentations graphiques de l'information fait partie de la fonction statistique : quelques exemples.

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Signification statistique

Pour répondre à la demande d'une probabilité critique, quelques illustrations des tests de randomisation. Elles portent sur des structures de données fondamentales en biologie évolutive : associations interspécifiques, collections de cartes et phylogénies compromis.

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Gérer la redondance

Quelques conséquences de la corrélation entre variables. L'absence de redondance définit les bons prédicteurs. Sa présence massive est un parasite à éliminer. Les techniques de réduction de dimension permettent de la gérer. On peut mélanger les types de variables (numériques et facteurs).

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Ségrégation sexuelle et statistique ad hoc

Commentaires sur un article de L. Conradt (1998 - Measuring the degree of sexual segregation in group-living animals,Journal of Animal Ecology 67:217-226) à partir de trois jeux de données sur le Cerf, le Chamois et le Chevreuil.

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L'ordination directe

Quelques principes de l'ordination écologique.

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De l'analyse multi-variables à l'analyse multi-tableaux

On pose la question des tableaux multiples à partir de jeux de données exemplaires. Les analyses élémentaires des cubes de données introduisent la notion de compromis.

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Co-inertie, co-structures et compromis

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Dissemblance et diversité

On aborde les bases d'un domaine plein d'avenir : celui de la mesure de la biodiversité. Dissimilarités métriques, euclidiennes, ultramétriques : définitions et mode de calcul. Leurs usages. Typologie et diversité sont deux concepts indissociables.