Évolution moléculaire - BioInformatique

Cette section regroupe les cours et cours-TD intégrés relatifs à bio-informatique au sens de l'étude de l'évolution au niveau moléculaire ainsi que des documents pouvant avoir un intérêt dans ce domaine.

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/evomol.html Version : 09.12.14]

 Ref : bgs Taille : 10716 ko  Version : 23.02.17 (2566 jours)

Bacterial genome structures

Introduction: what bacteria means here. Genome size variability between and within species. Chromosome topology and chromosome numbers; difference between plasmids and chromosomes. The G+C content variability and its impact at phenotypic level. Replichores. Gene orientation biases. Chirochores; PR1 hypothesis and PR2 state. An X-rated structure. Some exercices are included

 Ref : bgsc Taille : 406 ko  Version : 21.02.17 (2568 jours)

Strucures des génomes bactériens

Correction des exercices proposés dans le cours frquote{Bacterial Genome structures}.

 Ref : tdr16 Taille : 387 ko  Version : 16.02.17 (2573 jours)

Manipuler des données volumineuses : les génomes bactériens

Pour tester l'aptitude de Rlogo{} à manipuler de grands ensembles de données, la fiche propose d'implanter un tableau séquences - codons de taille respectable.

 Ref : tdr222 Taille : 378 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

Mélange de lois normales et tailles de génomes bactériens

Étude de la taille de 279 génomes de bactéries exprimée en kilobases (données de 2002). Mise à jour avec des données plus récentes à partir de GOLD (Genomes Online Database).

 Ref : tdr223 Taille : 421 ko  Version : 08.12.16 (2643 jours)

Mélanges et point isoélectrique des protéines

Étude de la distribution du point isolélectrique dans un protéome. Une simulation pour invalider une interprétation trop jolie pour être vraie. D'après un article de G.F. Weiller, G. Caraux et N. Sylvester (2004) Proteomics, 4:943-949.

 Ref : tdr623 Taille : 551 ko  Version : 05.11.16 (2676 jours)

Pratique de l'AFC inter-intra sur données génomique

Analyse de la variabilité de l'usage du code du point de vue synonyme et non synonyme pour 739 génomes bactériens. Les AFC inter et intra permettent de décomposer une problématique en sous problématiques plus faciles à interpréter.

 Ref : tdr624 Taille : 829 ko  Version : 27.09.13 (3811 jours)

Pratique de l'AFC discriminante sur données protéomiques et génomiques

L'analyse factorielle des correspondances discriminante permet d'augmenter le pouvoir de résolution pour discriminer entre des groupes d'individus. On voit ici deux applications, une au niveau protéique et une au niveau nucléique.

 Ref : tdr641 Taille : 579 ko  Version : 20.02.17 (2569 jours)

Analyse de co-inertie sur données simulées et sur données protéomiques

Pratique de l'analyse de co-inertie sur un jeu de données simulées et sur un vrai jeu de données concernant la composition du protéome de Escherichia coli et les propriétés physico-chimiques des 20 acides aminés.

 Ref : tdr77 Taille : 1595 ko  Version : 23.02.17 (2566 jours)

Analyse de l'usage du code des génomes bactériens

TD donné en 2006 par Guy Perrière en quatrième année à l'INSA de Lyon, filière 4BIM, sur l'étude de l'usage des codons chez certaines bactéries