Problèmes de pratique statistique

Génétique

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/pps3.html Version : 09.12.14]

 Ref : pps069 Taille : 1595 ko  Version : 27.09.13 (4030 jours)

Les tortues géantes des Galapagos

La fiche décrit le contenu de la liste de {Rlogo} qui reproduit les données acquises et publiées par C. Ciofi, M.C. Milinkovitch, J.P. Gibbs, A. Caccone & J.R. Powell (2002, Microsatellite analysis of genetic divergence among populations of giant Galápagos tortoises, Molecular Ecology, 11, 2265-2283). 17 populations sont réparties sur 11 localités dans 6 îles. Elles sont positionnées sur une carte schématique. Les estimations des fréquences alléliques sur 10 microsatellites hautement polymorphes donnent un beau problème de génétique spatiale.

 Ref : pps057 Taille : 279 ko  Version : 27.09.13 (4030 jours)

Acariens (Chaetodactylidae) parasites d'espèces d'abeilles (Megachilidae)

Guillaume Dauphin (Master OMIV 2005) propose de visiter un bel exemple de morphométrie proposé par P. B. Klimov et B. M. Oconnor (Experimental and Applied Acarology. 33: 157-182) sur le site du North American Bee Mite project .

 Ref : pps055 Taille : 546 ko  Version : 27.09.13 (4030 jours)

Microsatellites et races bovines

Un tableau important, proposé par D. Laloë, est disponible par data(microsatt). Il regroupe les fréquences alléliques pour 18 races bovines (taurines ou zébu), d'origine française ou africaine, typées sur 9 microsatellites. Pour réfléchir sur les idées de K. Moazami-Goudarzi et D. Laloë (2002, Is a multivariate consensus representation of genetic relationships among populations always meaningful? Genetics, 162, 473-484).

 Ref : pps054 Taille : 175 ko  Version : 27.09.13 (4030 jours)

Polymorphisme des chevaines du bassin du Rhône

Un tableau de fréquences alléliques publié par B. Guinand et al. (1996) qui est disponible par data(chevaine) dans le paquet ade4.

 Ref : pps022 Taille : 269 ko  Version : 27.09.13 (4030 jours)

Les truites de J.M. Lascaux

Avec data(lascaux) dans le paquet ade4, on obtient un ensemble de données acquises et traitées dans le thèse de J.-M. Lascaux (1996). Un très beau problème d'écologie statistique.

 Ref : pps020 Taille : 240 ko  Version : 27.09.13 (4030 jours)

Marqueurs binaires et chromosome Y

Un tableau de fréquences d'haplotypes pour 25 populations d'Homo sapiens sapiens de Semino et al. 2000 (The Genetic Legacy of Paleolithic Homo sapiens sapiens in Extant Europeans: A Y Chromosome Perspective. Science, 290, 1155-9) pose d'intéressantes questions de statistique.

 Ref : pps019 Taille : 185 ko  Version : 27.09.13 (4030 jours)

Polymorphisme enzymatique d'une liliacée

Fréquences alléliques croisant 13 populations et 11 loci polymorphes. Les données sont de M. Pigliucci, M. Seraphini, et G. Bianchi (1990. A study of within and amond population genetic variability in Ornithogalum montanum (Liliaceae). Canadian Journal of Botany - Revue Canadienne de Botanique 68:1788-1795). Pour une première approche des tableaux génétiques.