MADG (M1)

Documents pour l'unité d'enseignement « Méthodes pour l'analyse de données génomiques ».

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/tdr14.html Version : 05.06.23]

Ref : tdr601 Taille : 3040 ko Version : 17.09.18 (2214 jours)

Initiation à l'analyse en composantes principales

Une première approche très intuitive et interactive de l'ACP. Centrage et réduction des données.

Ref : tdr602 Taille : 797 ko Version : 17.09.18 (2214 jours)

ACP d'un jeu de données très simple

On analyse les résultats de 104 étudiants dans 9 matières avec plusieurs analyses en composante principales pour montrer que les opérations de centrage et de réduction sont loin d'être innocentes.

Ref : tdr603 Taille : 408 ko Version : 19.09.18 (2212 jours)

AFC d'un jeu de données très simple

On analyse la couleur des yeux et des cheveux de 592 étudiants.

Ref : tdr74 Taille : 1669 ko Version : 17.10.20 (1452 jours)

Analyse multivariée de séquences génomiques

Le paquet seqinr pour le logiciel Rlogo{} est une bibliothèque de fonctions dédiée à l'importation et l'analyse des séquences génomiques. Il permet d'interfacer le logiciel Rlogo{} avec les banques de séquences structurées sous ACNUC cite{acnuc1984}. ACNUC est un système de stockage des banques de séquences (EMBL, GenBank, SwissProt, etc.) efficace pour extraire des sous-séquences d'intérêt biologique (des séquences codantes, des ARNt, etc). Grâce à un langage de requête assez simple, il est alors facile depuis Rlogo{}, de sélectionner des séquences puis d'utiliser toute la puissance et les fonctionnalités du langage Rlogo{} pour les analyser.