Questions-Réponses - Consultations statistiques [ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/qr.html Version : 09/01/07]

 Ref : qrn Taille : 208 ko Version : 09/01/07

How to use xtable() with a data.frame which contains special LaTeX characters?

With the function stresc() in the next release of the seqinR package (will be available on CRAN in spring 2007).

 Ref : qrm Taille : 164 ko Version : 13/11/06

Comment identifier toutes les lois de probabilités définies dans ?

Pour récupérer automatiquement les noms des distributions disponibles par dpqr.

 Ref : qrk Taille : 176 ko Version : 24/07/06

Comment faire une analyse des correspondances avec des nombres négatifs ?

Pour une minute de détente !

 Ref : qri Taille : 800 ko Version : 11/07/06

Comment saisir une phylogénie au format Newick ?

Les phylogénies, compromis de connaissances sur les relations de parentés entre espèces d'un groupe donné, font maintenant partie des corpus de données écologiques. On fournit ici quelques indications pour saisir ce type d'information.

 Ref : qrh Taille : 340 ko Version : 10/07/06

Corrélations canoniques et taux d'inertie

Un message de Karine Jacquet demande d'expliciter pourquoi l'usage de l'analyse des correspondances en écologie n'est pas toujours simple. La fiche donne des éléments de réponse.

 Ref : qrg Taille : 652 ko Version : 15/03/06

Comment remplacer les labels par des icônes sur une carte factorielle ?

Un message de Kent Löfgren et une réponse de Basille Mathieu invite à placer des icônes à la place des étiquettes sur une carte factorielle. La fonction addlogo de Roger Bivand permet de le faire. Il faut régler quelques détails pour que ce soit opérationnel. La fiche détaille ces opérations et donne un exemple.

 Ref : qre Taille : 422 ko Version : 14/03/06

Why Muto & Osawa (1987) plot is not good?

Professor Alexander N. Gorban asked me by e-mail on Sun, 23 Oct 2005 14:00:17 +0100 for the following legitimate clarification.

 Ref : qrd Taille : 196 ko Version : 11/03/06

Comment retrouver une analyse des correspondances intra-classes dans une analyse des correspondances internes ?

Gaël Didier s'étonne de ne pas retrouver dans une analyse des correspondances internes les résultats obtenus par une analyse des correspondances intra-classes qui est un cas particulier. La fiche explique pourquoi. Il fait les calculs dans ADE-4. En voulant les reproduire dans ade4, on met en évidence une erreur signalée et corrigée dans witwit.coa par Campo Elías PARDO.

 Ref : qrc Taille : 244 ko Version : 11/04/05

Comment comparer des fréquences très faibles

Pour un copain d'un ami, le souvenir d'une consultation pour V. Nigon sur les taux d'anomalies chromosomiques rares.

 Ref : qrb Taille : 396 ko Version : 06/04/05

Calcul de l'Outlier Mean Index

Suite à une question de Susanne Schmidt (Dresden), la fiche reprend des informations de base sur la méthode de couplage appelée niche.

 Ref : qr9 Taille : 515 ko Version : 30/01/05

Traits biologiques : variables ou K-tableaux ?

La fiche donne des indications sur la nature des tableaux de traits biologiques. A partir de plusieurs exemples, on montre qu'il est possible de choisir entre deux types de stratégies, la première visant à transformer un ensemble de traits en paquets de variables quantitatives, la seconde gardant au tableau de traits le statut de K-tableaux et cherchant à le décomposer en éléments plus simples. La présence sous-jacente de la taxonomie pose des questions ouvertes.

 Ref : qr8 Taille : 401 ko Version : 29/11/04

Comment projeter des individus ou des variables supplémentaires ?

La question de la projection des individus et des variables supplémentaires est souvent posée. On peut parler d'éléments supplémentaires au sens précis ou d'information supplémentaire au sens large.

 Ref : qr7 Taille : 193 ko Version : 24/09/04

Comment faire les analyses séparées dans une analyse des correspondances internes ?

L'analyse des correspondances internes porte sur un paquet de sous-tableaux. Marie Semon demande une représentation des analyses séparées qui semble légitime.

 Ref : qr6 Taille : 535 ko Version : 24/08/04

Comment obtenir les représentations unidimensionnelles dans une analyse RLQ ?

Les fonction sco.quant, sco.boxplot, et sco.distri permettent de visualiser la relation entre un score numérique et un paquet de variables, respectivement quantitatives, qualitatives ou distributionnelles. La fonction table.cont permet d'illustrer le lien entre deux scores par une distribution bivariée. On illustre ces fonctions dans les illustrations de la méthode RLQ pour répondre à la question de Andres Mellado Diaz. Les données de I. Ribera et al. 2001. Effect of land disturbance and stress on species traits of ground beetle assemblages. Ecology 82:1112-1129 sont utilisées à partir des archives de l'ESA.

 Ref : qr5 Taille : 494 ko Version : 06/07/04

Comment obtenir les sorties complètes de STATICO ?

Charline Laurent pose plusieurs questions sur la pratique de STATICO dans la librairie ade4. Elles mettent en évidence des insuffisances dans les fonctions ktab.match2ktabs et pta. Ces fonctions sont modifiées et les versions provisoires téléchargeables. On ajoute un jeu de données pour tester le couplage AFC-ACP de la méthode.

 Ref : qr4 Taille : 517 ko Version : 18/06/04

Peut-on interpréter un seul facteur ?

Il arrive souvent qu'une analyse multivariée conduise à l'interprétation d'un seul facteur. La fiche regroupe la description des outils graphiques qui sont utiles dans cette circonstance. Il n'y a aucune raison d'utiliser un plan factoriel pour exprimer un deuxième axe qui n'a aucune fonction. La fiche indique des outils d'expression d'un premier facteur dominant en ACP, AFC ou ACM.

 Ref : qr3 Taille : 294 ko Version : 12/06/04

Que signifie la taille des ellipses dans ade4 ?

La question est souvent posée. Elle est revenue dans un message de Ken Rutledge qui avait demandé la figuration des groupes de points dans la représentation triangulaire. On donne la définition des ellipses d'inertie et quelques illustrations.

 Ref : qr2 Taille : 279 ko Version : 19/06/04

Peut-on modifier la fonction coinertia pour utiliser des très grands nombres de variables ?

La question est posée par des utilisateurs de l'analyse de co-inertie en biologie moléculaire. La fonction coinertia est modifiée pour prendre en compte des couples de tableaux où le nombre de colonnes est beaucoup plus grand que le nombre de lignes de chaque côté.

 Ref : qr1 Taille : 597 ko Version : 11/06/04

Que faire avec un tableau croisant individus et sites microsatellites ?

La question est posée par Hadrien Vanthomme à propos de chats et du problème de l'hybridation entre Felis silvestris (chat sauvage) et Felis catus (chat domestique). On regroupe ici des réflexions induites par cette consultation

[ DC 09/01/07 qr.php]