bpp-core3  3.0.0
bpp::FullHmmTransitionMatrix Member List

This is the complete list of members for bpp::FullHmmTransitionMatrix, including all inherited members.

AbstractHmmTransitionMatrix(const HmmStateAlphabet *alph, const std::string &prefix="")bpp::AbstractHmmTransitionMatrix
AbstractHmmTransitionMatrix(const AbstractHmmTransitionMatrix &hptm)bpp::AbstractHmmTransitionMatrix
AbstractParametrizable(const std::string &prefix)bpp::AbstractParametrizableinline
addParameter_(Parameter *parameter)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
addParameters_(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
alph_bpp::AbstractHmmTransitionMatrixprivate
clone() constbpp::FullHmmTransitionMatrixinlinevirtual
deleteParameter_(size_t index)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
deleteParameter_(std::string &name)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
deleteParameters_(const std::vector< std::string > &names)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
eqFreq_bpp::AbstractHmmTransitionMatrixmutableprotected
fireParameterChanged(const ParameterList &parameters)bpp::FullHmmTransitionMatrixvirtual
FullHmmTransitionMatrix(const HmmStateAlphabet *alph, const std::string &prefix="")bpp::FullHmmTransitionMatrix
FullHmmTransitionMatrix(const FullHmmTransitionMatrix &hptm)bpp::FullHmmTransitionMatrix
getEquilibriumFrequencies() constbpp::FullHmmTransitionMatrixvirtual
getHmmStateAlphabet() constbpp::AbstractHmmTransitionMatrixinlinevirtual
bpp::getNamespace() const =0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getNamespace() constbpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
bpp::getNumberOfParameters() const =0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getNumberOfParameters() constbpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
getNumberOfStates() constbpp::AbstractHmmTransitionMatrixinlinevirtual
bpp::getParameter(const std::string &name) const =0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameter(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
getParameter_(const std::string &name)bpp::AbstractParametrizableinlineprotected
getParameter_(size_t index)bpp::AbstractParametrizableinlineprotected
getParameter_(size_t index) constbpp::AbstractParametrizableinlineprotected
bpp::getParameterNameWithoutNamespace(const std::string &name) const =0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameterNameWithoutNamespace(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::getParameters() const =0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameters() constbpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
bpp::getParameters_()=0bpp::Parametrizableprotectedpure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameters_()bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
bpp::getParameterValue(const std::string &name) const =0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::getParameterValue(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
getParameterWithNamespace_(const std::string &name)bpp::AbstractParametrizableinlineprotected
getParameterWithNamespace_(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizableinlineprotected
getPij() constbpp::FullHmmTransitionMatrixvirtual
getSharedParameter(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizableinline
getSharedParameter(size_t i) constbpp::AbstractParametrizableinlineprotected
getSharedParameter(size_t i)bpp::AbstractParametrizableinlineprotected
bpp::hasParameter(const std::string &name) const =0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::hasParameter(const std::string &name) constbpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
includeParameters_(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
bpp::matchParametersValues(const ParameterList &parameters)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::matchParametersValues(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
operator=(const FullHmmTransitionMatrix &hptm)bpp::FullHmmTransitionMatrix
bpp::AbstractHmmTransitionMatrix::operator=(const AbstractHmmTransitionMatrix &hptm)bpp::AbstractHmmTransitionMatrix
parameters_bpp::AbstractParametrizableprivate
Parametrizable()bpp::Parametrizableinline
Pij(size_t i, size_t j) constbpp::FullHmmTransitionMatrixinlinevirtual
pij_bpp::AbstractHmmTransitionMatrixmutableprotected
prefix_bpp::AbstractParametrizableprivate
resetParameters_()bpp::AbstractParametrizableinlineprotected
sample(size_t size) constbpp::AbstractHmmTransitionMatrix
bpp::setAllParametersValues(const ParameterList &parameters)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setAllParametersValues(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
setHmmStateAlphabet(const HmmStateAlphabet *stateAlphabet)bpp::AbstractHmmTransitionMatrixvirtual
bpp::setNamespace(const std::string &prefix)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setNamespace(const std::string &prefix)bpp::AbstractParametrizablevirtual
bpp::setParametersValues(const ParameterList &parameters)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setParametersValues(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
bpp::setParameterValue(const std::string &name, double value)=0bpp::Parametrizablepure virtual
bpp::AbstractParametrizable::setParameterValue(const std::string &name, double value)bpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
setTransitionProbabilities(const Matrix< double > &mat)bpp::FullHmmTransitionMatrix
shareParameter_(const std::shared_ptr< Parameter > &parameter)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
shareParameters_(const ParameterList &parameters)bpp::AbstractParametrizableinlineprotectedvirtual
tmpmat_bpp::AbstractHmmTransitionMatrixprotected
upToDate_bpp::AbstractHmmTransitionMatrixmutableprotected
vSimplex_bpp::FullHmmTransitionMatrixprivate
~AbstractParametrizable()bpp::AbstractParametrizableinlinevirtual
~Clonable()=defaultbpp::Clonablevirtual
~Parametrizable()bpp::Parametrizableinlinevirtual