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HOVERGEN: Q9CXS2_MOUSE

ID   Q9CXS2_MOUSE            Unreviewed;       169 AA.
AC   Q9CXS2;
DT   01-JUN-2001, integrated into UniProtKB/TrEMBL.
DT   01-JUN-2001, sequence version 1.
DT   03-NOV-2009, entry version 56.
DE   SubName: Full=Putative uncharacterized protein;
DE   SubName: Full=RAB3C, member RAS oncogene family, isoform CRA_d;
GN   Name=Rab3c; ORFNames=mCG_117475;
OS   Mus musculus (Mouse).
OC   Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
OC   Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciurognathi;
OC   Muroidea; Muridae; Murinae; Mus.
OX   NCBI_TaxID=10090;
RN   [1]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RX   MEDLINE=99279253; PubMed=10349636; DOI=10.1016/S0076-6879(99)03004-9;
RA   Carninci P., Hayashizaki Y.;
RT   "High-efficiency full-length cDNA cloning.";
RL   Methods Enzymol. 303:19-44(1999).
RN   [2]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RX   PubMed=16141072; DOI=10.1126/science.1112014;
RA   Carninci P., Kasukawa T., Katayama S., Gough J., Frith M.C., Maeda N.,
RA   Oyama R., Ravasi T., Lenhard B., Wells C., Kodzius R., Shimokawa K.,
RA   Bajic V.B., Brenner S.E., Batalov S., Forrest A.R., Zavolan M.,
RA   Davis M.J., Wilming L.G., Aidinis V., Allen J.E.,
RA   Ambesi-Impiombato A., Apweiler R., Aturaliya R.N., Bailey T.L.,
RA   Bansal M., Baxter L., Beisel K.W., Bersano T., Bono H., Chalk A.M.,
RA   Chiu K.P., Choudhary V., Christoffels A., Clutterbuck D.R.,
RA   Crowe M.L., Dalla E., Dalrymple B.P., de Bono B., Della Gatta G.,
RA   di Bernardo D., Down T., Engstrom P., Fagiolini M., Faulkner G.,
RA   Fletcher C.F., Fukushima T., Furuno M., Futaki S., Gariboldi M.,
RA   Georgii-Hemming P., Gingeras T.R., Gojobori T., Green R.E.,
RA   Gustincich S., Harbers M., Hayashi Y., Hensch T.K., Hirokawa N.,
RA   Hill D., Huminiecki L., Iacono M., Ikeo K., Iwama A., Ishikawa T.,
RA   Jakt M., Kanapin A., Katoh M., Kawasawa Y., Kelso J., Kitamura H.,
RA   Kitano H., Kollias G., Krishnan S.P., Kruger A., Kummerfeld S.K.,
RA   Kurochkin I.V., Lareau L.F., Lazarevic D., Lipovich L., Liu J.,
RA   Liuni S., McWilliam S., Madan Babu M., Madera M., Marchionni L.,
RA   Matsuda H., Matsuzawa S., Miki H., Mignone F., Miyake S., Morris K.,
RA   Mottagui-Tabar S., Mulder N., Nakano N., Nakauchi H., Ng P.,
RA   Nilsson R., Nishiguchi S., Nishikawa S., Nori F., Ohara O.,
RA   Okazaki Y., Orlando V., Pang K.C., Pavan W.J., Pavesi G., Pesole G.,
RA   Petrovsky N., Piazza S., Reed J., Reid J.F., Ring B.Z., Ringwald M.,
RA   Rost B., Ruan Y., Salzberg S.L., Sandelin A., Schneider C.,
RA   Schoenbach C., Sekiguchi K., Semple C.A., Seno S., Sessa L., Sheng Y.,
RA   Shibata Y., Shimada H., Shimada K., Silva D., Sinclair B.,
RA   Sperling S., Stupka E., Sugiura K., Sultana R., Takenaka Y., Taki K.,
RA   Tammoja K., Tan S.L., Tang S., Taylor M.S., Tegner J., Teichmann S.A.,
RA   Ueda H.R., van Nimwegen E., Verardo R., Wei C.L., Yagi K.,
RA   Yamanishi H., Zabarovsky E., Zhu S., Zimmer A., Hide W., Bult C.,
RA   Grimmond S.M., Teasdale R.D., Liu E.T., Brusic V., Quackenbush J.,
RA   Wahlestedt C., Mattick J.S., Hume D.A., Kai C., Sasaki D., Tomaru Y.,
RA   Fukuda S., Kanamori-Katayama M., Suzuki M., Aoki J., Arakawa T.,
RA   Iida J., Imamura K., Itoh M., Kato T., Kawaji H., Kawagashira N.,
RA   Kawashima T., Kojima M., Kondo S., Konno H., Nakano K., Ninomiya N.,
RA   Nishio T., Okada M., Plessy C., Shibata K., Shiraki T., Suzuki S.,
RA   Tagami M., Waki K., Watahiki A., Okamura-Oho Y., Suzuki H., Kawai J.,
RA   Hayashizaki Y.;
RT   "The transcriptional landscape of the mammalian genome.";
RL   Science 309:1559-1563(2005).
RN   [3]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RX   PubMed=16141073; DOI=10.1126/science.1112009;
RG   RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group
RG   (Genome Network Project Core Group) and the FANTOM Consortium;
RT   "Antisense Transcription in the Mammalian Transcriptome.";
RL   Science 309:1564-1566(2005).
RN   [4]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RX   MEDLINE=22354683; PubMed=12466851; DOI=10.1038/nature01266;
RA   Okazaki Y., Furuno M., Kasukawa T., Adachi J., Bono H., Kondo S.,
RA   Nikaido I., Osato N., Saito R., Suzuki H., Yamanaka I., Kiyosawa H.,
RA   Yagi K., Tomaru Y., Hasegawa Y., Nogami A., Schonbach C., Gojobori T.,
RA   Baldarelli R., Hill D.P., Bult C., Hume D.A., Quackenbush J.,
RA   Schriml L.M., Kanapin A., Matsuda H., Batalov S., Beisel K.W.,
RA   Blake J.A., Bradt D., Brusic V., Chothia C., Corbani L.E., Cousins S.,
RA   Dalla E., Dragani T.A., Fletcher C.F., Forrest A., Frazer K.S.,
RA   Gaasterland T., Gariboldi M., Gissi C., Godzik A., Gough J.,
RA   Grimmond S., Gustincich S., Hirokawa N., Jackson I.J., Jarvis E.D.,
RA   Kanai A., Kawaji H., Kawasawa Y., Kedzierski R.M., King B.L.,
RA   Konagaya A., Kurochkin I.V., Lee Y., Lenhard B., Lyons P.A.,
RA   Maglott D.R., Maltais L., Marchionni L., McKenzie L., Miki H.,
RA   Nagashima T., Numata K., Okido T., Pavan W.J., Pertea G., Pesole G.,
RA   Petrovsky N., Pillai R., Pontius J.U., Qi D., Ramachandran S.,
RA   Ravasi T., Reed J.C., Reed D.J., Reid J., Ring B.Z., Ringwald M.,
RA   Sandelin A., Schneider C., Semple C.A., Setou M., Shimada K.,
RA   Sultana R., Takenaka Y., Taylor M.S., Teasdale R.D., Tomita M.,
RA   Verardo R., Wagner L., Wahlestedt C., Wang Y., Watanabe Y., Wells C.,
RA   Wilming L.G., Wynshaw-Boris A., Yanagisawa M., Yang I., Yang L.,
RA   Yuan Z., Zavolan M., Zhu Y., Zimmer A., Carninci P., Hayatsu N.,
RA   Hirozane-Kishikawa T., Konno H., Nakamura M., Sakazume N., Sato K.,
RA   Shiraki T., Waki K., Kawai J., Aizawa K., Arakawa T., Fukuda S.,
RA   Hara A., Hashizume W., Imotani K., Ishii Y., Itoh M., Kagawa I.,
RA   Miyazaki A., Sakai K., Sasaki D., Shibata K., Shinagawa A.,
RA   Yasunishi A., Yoshino M., Waterston R., Lander E.S., Rogers J.,
RA   Birney E., Hayashizaki Y.;
RT   "Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of
RT   60,770 full-length cDNAs.";
RL   Nature 420:563-573(2002).
RN   [5]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RX   MEDLINE=21085660; PubMed=11217851; DOI=10.1038/35055500;
RA   Kawai J., Shinagawa A., Shibata K., Yoshino M., Itoh M., Ishii Y.,
RA   Arakawa T., Hara A., Fukunishi Y., Konno H., Adachi J., Fukuda S.,
RA   Aizawa K., Izawa M., Nishi K., Kiyosawa H., Kondo S., Yamanaka I.,
RA   Saito T., Okazaki Y., Gojobori T., Bono H., Kasukawa T., Saito R.,
RA   Kadota K., Matsuda H.A., Ashburner M., Batalov S., Casavant T.,
RA   Fleischmann W., Gaasterland T., Gissi C., King B., Kochiwa H.,
RA   Kuehl P., Lewis S., Matsuo Y., Nikaido I., Pesole G., Quackenbush J.,
RA   Schriml L.M., Staubli F., Suzuki R., Tomita M., Wagner L., Washio T.,
RA   Sakai K., Okido T., Furuno M., Aono H., Baldarelli R., Barsh G.,
RA   Blake J., Boffelli D., Bojunga N., Carninci P., de Bonaldo M.F.,
RA   Brownstein M.J., Bult C., Fletcher C., Fujita M., Gariboldi M.,
RA   Gustincich S., Hill D., Hofmann M., Hume D.A., Kamiya M., Lee N.H.,
RA   Lyons P., Marchionni L., Mashima J., Mazzarelli J., Mombaerts P.,
RA   Nordone P., Ring B., Ringwald M., Rodriguez I., Sakamoto N.,
RA   Sasaki H., Sato K., Schoenbach C., Seya T., Shibata Y., Storch K.-F.,
RA   Suzuki H., Toyo-oka K., Wang K.H., Weitz C., Whittaker C., Wilming L.,
RA   Wynshaw-Boris A., Yoshida K., Hasegawa Y., Kawaji H., Kohtsuki S.,
RA   Hayashizaki Y.;
RT   "Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection.";
RL   Nature 409:685-690(2001).
RN   [6]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RX   MEDLINE=20499374; PubMed=11042159; DOI=10.1101/gr.145100;
RA   Carninci P., Shibata Y., Hayatsu N., Sugahara Y., Shibata K., Itoh M.,
RA   Konno H., Okazaki Y., Muramatsu M., Hayashizaki Y.;
RT   "Normalization and subtraction of cap-trapper-selected cDNAs to
RT   prepare full-length cDNA libraries for rapid discovery of new genes.";
RL   Genome Res. 10:1617-1630(2000).
RN   [7]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RX   MEDLINE=20530913; PubMed=11076861; DOI=10.1101/gr.152600;
RA   Shibata K., Itoh M., Aizawa K., Nagaoka S., Sasaki N., Carninci P.,
RA   Konno H., Akiyama J., Nishi K., Kitsunai T., Tashiro H., Itoh M.,
RA   Sumi N., Ishii Y., Nakamura S., Hazama M., Nishine T., Harada A.,
RA   Yamamoto R., Matsumoto H., Sakaguchi S., Ikegami T., Kashiwagi K.,
RA   Fujiwake S., Inoue K., Togawa Y., Izawa M., Ohara E., Watahiki M.,
RA   Yoneda Y., Ishikawa T., Ozawa K., Tanaka T., Matsuura S., Kawai J.,
RA   Okazaki Y., Muramatsu M., Inoue Y., Kira A., Hayashizaki Y.;
RT   "RIKEN integrated sequence analysis (RISA) system--384-format
RT   sequencing pipeline with 384 multicapillary sequencer.";
RL   Genome Res. 10:1757-1771(2000).
RN   [8]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=C57BL/6J; TISSUE=Head;
RA   Adachi J., Aizawa K., Akahira S., Akimura T., Arai A., Aono H.,
RA   Arakawa T., Bono H., Carninci P., Fukuda S., Fukunishi Y., Furuno M.,
RA   Hanagaki T., Hara A., Hayatsu N., Hiramoto K., Hiraoka T., Hori F.,
RA   Imotani K., Ishii Y., Itoh M., Izawa M., Kasukawa T., Kato H.,
RA   Kawai J., Kojima Y., Konno H., Kouda M., Koya S., Kurihara C.,
RA   Matsuyama T., Miyazaki A., Nishi K., Nomura K., Numazaki R., Ohno M.,
RA   Okazaki Y., Okido T., Owa C., Saito H., Saito R., Sakai C., Sakai K.,
RA   Sano H., Sasaki D., Shibata K., Shibata Y., Shinagawa A., Shiraki T.,
RA   Sogabe Y., Suzuki H., Tagami M., Tagawa A., Takahashi F., Tanaka T.,
RA   Tejima Y., Toya T., Yamamura T., Yasunishi A., Yoshida K., Yoshino M.,
RA   Muramatsu M., Hayashizaki Y.;
RL   Submitted (JUL-2000) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.
RN   [9]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=Mixed;
RX   MEDLINE=22036378; PubMed=12040188; DOI=10.1126/science.1069193;
RA   Mural R.J., Adams M.D., Myers E.W., Smith H.O., Miklos G.L., Wides R.,
RA   Halpern A., Li P.W., Sutton G.G., Nadeau J., Salzberg S.L., Holt R.A.,
RA   Kodira C.D., Lu F., Chen L., Deng Z., Evangelista C.C., Gan W.,
RA   Heiman T.J., Li J., Li Z., Merkulov G.V., Milshina N.V., Naik A.K.,
RA   Qi R., Shue B.C., Wang A., Wang J., Wang X., Yan X., Ye J.,
RA   Yooseph S., Zhao Q., Zheng L., Zhu S.C., Biddick K., Bolanos R.,
RA   Delcher A.L., Dew I.M., Fasulo D., Flanigan M.J., Huson D.H.,
RA   Kravitz S.A., Miller J.R., Mobarry C.M., Reinert K., Remington K.A.,
RA   Zhang Q., Zheng X.H., Nusskern D.R., Lai Z., Lei Y., Zhong W., Yao A.,
RA   Guan P., Ji R.R., Gu Z., Wang Z.Y., Zhong F., Xiao C., Chiang C.C.,
RA   Yandell M., Wortman J.R., Amanatides P.G., Hladun S.L., Pratts E.C.,
RA   Johnson J.E., Dodson K.L., Woodford K.J., Evans C.A., Gropman B.,
RA   Rusch D.B., Venter E., Wang M., Smith T.J., Houck J.T., Tompkins D.E.,
RA   Haynes C., Jacob D., Chin S.H., Allen D.R., Dahlke C.E., Sanders R.,
RA   Li K., Liu X., Levitsky A.A., Majoros W.H., Chen Q., Xia A.C.,
RA   Lopez J.R., Donnelly M.T., Newman M.H., Glodek A., Kraft C.L.,
RA   Nodell M., Ali F., An H.J., Baldwin-Pitts D., Beeson K.Y., Cai S.,
RA   Carnes M., Carver A., Caulk P.M., Center A., Chen Y.H., Cheng M.L.,
RA   Coyne M.D., Crowder M., Danaher S., Davenport L.B., Desilets R.,
RA   Dietz S.M., Doup L., Dullaghan P., Ferriera S., Fosler C.R.,
RA   Gire H.C., Gluecksmann A., Gocayne J.D., Gray J., Hart B., Haynes J.,
RA   Hoover J., Howland T., Ibegwam C., Jalali M., Johns D., Kline L.,
RA   Ma D.S., MacCawley S., Magoon A., Mann F., May D., McIntosh T.C.,
RA   Mehta S., Moy L., Moy M.C., Murphy B.J., Murphy S.D., Nelson K.A.,
RA   Nuri Z., Parker K.A., Prudhomme A.C., Puri V.N., Qureshi H.,
RA   Raley J.C., Reardon M.S., Regier M.A., Rogers Y.H., Romblad D.L.,
RA   Schutz J., Scott J.L., Scott R., Sitter C.D., Smallwood M.,
RA   Sprague A.C., Stewart E., Strong R.V., Suh E., Sylvester K.,
RA   Thomas R., Tint N.N., Tsonis C., Wang G., Wang G., Williams M.S.,
RA   Williams S.M., Windsor S.M., Wolfe K., Wu M.M., Zaveri J.,
RA   Chaturvedi K., Gabrielian A.E., Ke Z., Sun J., Subramanian G.,
RA   Venter J.C., Pfannkoch C.M., Barnstead M., Stephenson L.D.;
RT   "A comparison of whole-genome shotgun-derived mouse chromosome 16 and
RT   the human genome.";
RL   Science 296:1661-1671(2002).
RN   [10]
RP   NUCLEOTIDE SEQUENCE.
RC   STRAIN=Mixed;
RA   Mural R.J., Adams M.D., Myers E.W., Smith H.O., Venter J.C.;
RL   Submitted (SEP-2005) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.
CC   -!- SIMILARITY: Belongs to the small GTPase superfamily. Rab family.
CC   -----------------------------------------------------------------------
CC   Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms
CC   Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License
CC   -----------------------------------------------------------------------
CC   -!- GENE_FAMILY: HBG009351 [ FAMILY / ALN / TREE ]
DR   EMBL; AK014050; BAB29132.1; -; mRNA.
DR   EMBL; CH466568; EDL18438.1; -; Genomic_DNA.
DR   IPI; IPI00316495; -.
DR   UniGene; Mm.390643; -.
DR   HSSP; P07560; 1G16.
DR   SMR; Q9CXS2; 26-166.
DR   STRING; Q9CXS2; -.
DR   Ensembl; ENSMUST00000022210; ENSMUSP00000022210; ENSMUSG00000021700; Mus musculus.
DR   MGI; MGI:1914545; Rab3c.
DR   HOVERGEN; Q9CXS2; -.
DR   ArrayExpress; Q9CXS2; -.
DR   Bgee; Q9CXS2; -.
DR   Genevestigator; Q9CXS2; -.
DR   GO; GO:0008021; C:synaptic vesicle; IDA:MGI.
DR   GO; GO:0005525; F:GTP binding; IEA:UniProtKB-KW.
DR   GO; GO:0005515; F:protein binding; IPI:MGI.
DR   GO; GO:0015031; P:protein transport; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0017157; P:regulation of exocytosis; IDA:MGI.
DR   GO; GO:0007264; P:small GTPase mediated signal transduction; IEA:InterPro.
DR   InterPro; IPR003579; GTPase_Rab.
DR   InterPro; IPR015596; Rab3.
DR   InterPro; IPR013753; Ras.
DR   InterPro; IPR001806; Ras_GTPase.
DR   InterPro; IPR005225; Small_GTP_bd.
DR   PANTHER; PTHR11708:SF222; Rab3; 1.
DR   Pfam; PF00071; Ras; 1.
DR   PRINTS; PR00449; RASTRNSFRMNG.
DR   SMART; SM00175; RAB; 1.
DR   TIGRFAMs; TIGR00231; small_GTP; 1.
PE   2: Evidence at transcript level;
DR   PRODOM; Q9CXS2.
DR   SWISS-2DPAGE; Q9CXS2.
KW   GTP-binding; Nucleotide-binding.
FT   DOMAIN        1     28       PRODOM:2005.1:PDA1E6U4  5
FT   DOMAIN       29    166       PRODOM:2005.1:PD000015  2217
SQ   SEQUENCE   169 AA;  19434 MW;  CE5C135485753ED4 CRC64;
     MRHEAPMQMA SAQDARFGQK DSSDQNFDYM FKLLIIGNSS VGKTSFLFRY ADDSFTSAFV
     STVGIDFKVK TVFKNEKRIK LQIWDTAGQE RYRTITTAYY RGAMGFILMY DITNEESFNA
     VQDWSTQIKT YSWDNAQVIL AGNKCDMEDE RVVSTERGQR LGEQLGDFL
//

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