R version 2.13.0 (2011-04-13) Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE. Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions. Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails. R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs. Tapez 'contributors()' pour plus d'information et 'citation()' pour la façon de le citer dans les publications. Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML. Tapez 'q()' pour quitter R. > date() [1] "Thu Sep 22 16:13:52 2011" > ################################################### > ### chunk number 2: codcol > ################################################### > #line 177 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr16//tdr16.rnw" > codcol <- readLines("fracod_cod.txt") > codcol [1] "TTT" "" "TTC" "" "TTA" "" "TTG" "" "TCT" "" "TCC" "" [13] "TCA" "" "TCG" "" "TAT" "" "TAC" "" "TAA" "" "TAG" "" [25] "TGT" "" "TGC" "" "TGA" "" "TGG" "" "CTT" "" "CTC" "" [37] "CTA" "" "CTG" "" "CCT" "" "CCC" "" "CCA" "" "CCG" "" [49] "CAT" "" "CAC" "" "CAA" "" "CAG" "" "CGT" "" "CGC" "" [61] "CGA" "" "CGG" "" "ATT" "" "ATC" "" "ATA" "" "ATG" "" [73] "ACT" "" "ACC" "" "ACA" "" "ACG" "" "AAT" "" "AAC" "" [85] "AAA" "" "AAG" "" "AGT" "" "AGC" "" "AGA" "" "AGG" "" [97] "GTT" "" "GTC" "" "GTA" "" "GTG" "" "GCT" "" "GCC" "" [109] "GCA" "" "GCG" "" "GAT" "" "GAC" "" "GAA" "" "GAG" "" [121] "GGT" "" "GGC" "" "GGA" "" "GGG" "" > > > ################################################### > ### chunk number 3: codlig > ################################################### > #line 184 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr16//tdr16.rnw" > codlig <- as.factor(readLines("fracod_esp.txt")) > summary(codlig) AERPECG AQUAECG ARCFUCG BACHDCG BACSUCG BORBUCG BUCAICG 67712 2619 1489 2088 3558 3627 772 523 CAMJECG CHLMUCG CHLPNACG CHLPNCCG CHLPNJCG CHLTRCG DEIRAC1 DEIRAC2 1497 743 853 968 982 832 2423 346 DEIRACP1 DEIRAMP1 ECOLICG HAEINCG HALSPCG HALSPP1 HALSPP2 HELPJCG 35 123 3914 1505 1761 163 291 1372 HELPYCG METJACG METTHCG MYCGECG MYCPNCG MYCTUCG NEIMACG NMENCG 1392 1516 1646 451 657 3679 1753 1706 PSEAECG PYRABCG PYRHOCG RICPRCG SYNY3CG THEACCG THEMACG TREPACG 5255 1692 1973 773 2908 1388 1686 917 UREURCG VIBCHC1 VIBCHC2 XYLFACG 560 2365 870 2041 > > > ################################################### > ### chunk number 4: fracod > ################################################### > #line 252 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr16//tdr16.rnw" > tempsimport <- system.time(fracod <- + as.data.frame( + matrix(data = scan(file = "fracod.txt", what = integer(0)), nrow = 67712, ncol = 64, byrow = TRUE))) Read 4333568 items > tempsimport utilisateur système écoulé 1.684 0.164 1.850 > > > ################################################### > ### chunk number 5: pasexplicite > ################################################### > #line 279 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr16//tdr16.rnw" > names(fracod) [1] "V1" "V2" "V3" "V4" "V5" "V6" "V7" "V8" "V9" "V10" "V11" "V12" [13] "V13" "V14" "V15" "V16" "V17" "V18" "V19" "V20" "V21" "V22" "V23" "V24" [25] "V25" "V26" "V27" "V28" "V29" "V30" "V31" "V32" "V33" "V34" "V35" "V36" [37] "V37" "V38" "V39" "V40" "V41" "V42" "V43" "V44" "V45" "V46" "V47" "V48" [49] "V49" "V50" "V51" "V52" "V53" "V54" "V55" "V56" "V57" "V58" "V59" "V60" [61] "V61" "V62" "V63" "V64" > > > ################################################### > ### chunk number 6: explicite > ################################################### > #line 285 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr16//tdr16.rnw" > names(fracod) <- readLines("fracod_cod.txt") Erreur dans names(fracod) <- readLines("fracod_cod.txt") : attribut 'names' [128] doit être de même longueur que le vecteur [64] Exécution arrêtée