R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

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> date()
[1] "Thu Sep 22 16:14:30 2011"
> ###################################################
> ### chunk number 2: 
> ###################################################
> #line 74 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> set.seed(01071966) #magic value for reproducibility
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 3: 
> ###################################################
> #line 92 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> library(MASS)
> w <- mvrnorm(n = 100, mu = c(0,0), Sig = matrix( c(1,0.75,0.75,1), 2, 2))
> w <- data.frame(w)
> names(w) <- c("x","y")
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 4: plt1
> ###################################################
> #line 101 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> plot(w, las = 1)
> points(mean(w$x),mean(w$y), pch=20, cex=2)
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 5: 
> ###################################################
> #line 108 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> #line 101 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> plot(w, las = 1)
> points(mean(w$x),mean(w$y), pch=20, cex=2)
> #line 109 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> abline(lm(w$y~w$x))
> segments(w$x,w$y,w$x,predict(lm(w$y~w$x)))
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 6: 
> ###################################################
> #line 116 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> #line 101 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> plot(w, las = 1)
> points(mean(w$x),mean(w$y), pch=20, cex=2)
> #line 117 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> a0 <- coefficients(lm(w$x~w$y))
> abline(-a0[1]/a0[2],1/a0[2])
> segments(w$x,w$y,predict(lm(w$x~w$y)),w$y)
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 7: 
> ###################################################
> #line 125 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> plot(w,asp=1) # justifier ce choix
> points(mean(w$x),mean(w$y),pch=20,cex=2)
> cov <- var(w)
> u <- eigen(cov,sym=T)$vectors[,1]
> p <- u[2]/u[1]
> abline(c(mean(w$y)-p*mean(w$x),p))
> scal <- (w$x-mean(w$x))*u[1]+(w$y-mean(w$y))*u[2]
> abline(c(mean(w$y)-p*mean(w$x),p))
> segments(w$x,w$y,mean(w$x)+scal*u[1],mean(w$y)+scal*u[2])
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 8: 
> ###################################################
> #line 140 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> library(ade4)

Attachement du package : 'ade4'

The following object(s) are masked from 'package:base':

    within

> pca1 <- dudi.pca(w, scal=FALSE, scann=FALSE, nf = 2)
> plot(pca1$li,asp=1, las = 1)
> abline(h=0)
> abline(v=0)
> s.arrow(pca1$c1,add.p=TRUE)
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 9: 
> ###################################################
> #line 157 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr24//tdr24.rnw"
> locus <- read.table("http://pbil.univ-lyon1.fr/R/donnees/locus.txt",
+ header =TRUE, row.names = 1)
Erreur dans file(file, "rt") : impossible d'ouvrir la connexion
Calls: read.table -> file
De plus : Message d'avis :
In file(file, "rt") :
  ouverture impossible : le statut HTTP était '404 Not Found'
Exécution arrêtée