R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.

R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.

Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.

> date()
[1] "Thu Sep 22 16:14:35 2011"
> ###################################################
> ### chunk number 2: d1
> ###################################################
> #line 181 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> casG <- rep(c("poisson_lune", "thon_rouge", "marlin_bleu"), c(3,3,3))
> casG <- as.factor(casG)
> casG
[1] poisson_lune poisson_lune poisson_lune thon_rouge   thon_rouge  
[6] thon_rouge   marlin_bleu  marlin_bleu  marlin_bleu 
Levels: marlin_bleu poisson_lune thon_rouge
> summary(casG)/length(casG)
 marlin_bleu poisson_lune   thon_rouge 
   0.3333333    0.3333333    0.3333333 
> summary(casG)/length(casG) -> probG
> -sum(probG*log(probG))
[1] 1.098612
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 3: d2
> ###################################################
> #line 192 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> casD <- rep(c("poisson_lune", "thon_rouge", "marlin_bleu"), c(6,1,1))
> casD <- as.factor(casD)
> casD
[1] poisson_lune poisson_lune poisson_lune poisson_lune poisson_lune
[6] poisson_lune thon_rouge   marlin_bleu 
Levels: marlin_bleu poisson_lune thon_rouge
> summary(casD)/length(casD)
 marlin_bleu poisson_lune   thon_rouge 
       0.125        0.750        0.125 
> summary(casD)/length(casD) -> probD
> -sum(probD*log(probD))
[1] 0.7356219
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 4: d3
> ###################################################
> #line 226 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> 1-sum(probG^2)
[1] 0.6666667
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 5: d4
> ###################################################
> #line 232 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> 1-sum(probD^2)
[1] 0.40625
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 6: d5
> ###################################################
> #line 302 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> x0 <- seq(0.02,1,by=0.02)
> plot(0,0,type="n",xlim=c(0,1),ylim=c(0,5),ylab="Rareté",xlab="Proportion")
> lines(x0,1/x0-1,lwd=2,col="blue")
> lines(x0,1-x0,lwd=2,col="red")
> lines(x0,-log(x0),lwd=2,col="darkgreen")
> legend(0.5,4.5,legend=c("Richesse","Shannon","Simpson"),
+ col=c("blue","darkgreen","red"),lwd=c(2,2,2))
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 7: d6
> ###################################################
> #line 326 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> library(ade4)

Attachement du package : 'ade4'

The following object(s) are masked from 'package:base':

    within

> data(bf88)
> names(bf88)
[1] "S1" "S2" "S3" "S4" "S5" "S6"
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 8: d7
> ###################################################
> #line 338 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> richness <- function(x) {
+     res <- apply(x, 2, function(i) length(i[i!=0])-1)
+     return(res)
+     }
>     
> shannon <- function(x){
+     interm <- function(y) {
+         resi <- sapply(y, function(u) if(u != 0)
+         (- (u / sum(y)) * log(u / sum(y))) else 0)
+         return(sum(resi))
+         }
+     res <- apply(x, 2, interm)
+     return(res)
+     }
>     
> simpson <- function(x) {
+     res <- divc(x)[,1]
+     return(res)
+     }
> 
> fun <- function(df, met) {
+     res <- lapply(df, met)
+     res <- as.data.frame(res)
+     rownames(res) <- names(df[[1]])
+     return(res)
+     }
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 9: d8
> ###################################################
> #line 366 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> resR <- fun(bf88, richness)
> resS <- fun(bf88, shannon)
> resGS <- fun(bf88, simpson)
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 10: d9
> ###################################################
> #line 373 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> par(mfrow=c(2,2), mar=c(5,4,2,2))
> plot(1:6, resR[1,],type="b", ylim = range(resR), xlab = "Vegetation stade", ylab = "Richness")
>  lines(1:6, resR[2,],type="b", lty=2)
>  lines(1:6, resR[3,],type="b", lty=3)
>  lines(1:6, resR[4,],type="b", lty=4)
> 
> plot(1:6, resS[1,],type="b", ylim = range(resS), xlab = "Vegetation stade", ylab = "Shannon index")
>  lines(1:6, resS[2,],type="b", lty=2)
>  lines(1:6, resS[3,],type="b", lty=3)
>  lines(1:6, resS[4,],type="b", lty=4)
> 
> plot(1:6, resGS[1,],type="b", ylim = range(resGS), xlab = "Vegetation stade", ylab = "Simpson index")
>  lines(1:6, resGS[2,],type="b", lty=2)
>  lines(1:6, resGS[3,],type="b", lty=3)
>  lines(1:6, resGS[4,],type="b", lty=4)
> 
> plot(1:8,1:8,type="n",main="Légende",font.main=1,xaxt="n",yaxt="n",xlab="",ylab="")
> legend(1,7,  c("Pologne","Bourgogne","Provence","Corse"), lty = 1:4, bty="n")
> par(mfrow=c(1,1))
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 11: d10
> ###################################################
> #line 401 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> resGS[3]
           S3
Pol 0.9202537
Bur 0.9176710
Pro 0.7207461
Cor 0.9287534
> resS[3]
          S3
Pol 2.689902
Bur 2.773388
Pro 1.466502
Cor 2.836802
> apply(resS, 2, rank)
    S1 S2 S3 S4 S5 S6
Pol  1  1  2  2  4  4
Bur  3  3  3  4  3  3
Pro  2  2  1  1  2  2
Cor  4  4  4  3  1  1
> apply(resGS, 2, rank)
    S1 S2 S3 S4 S5 S6
Pol  1  1  3  2  4  4
Bur  3  3  2  4  3  3
Pro  2  2  1  1  1  2
Cor  4  4  4  3  2  1
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 12: d11
> ###################################################
> #line 429 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> uniformeS <- function(x) {
+ cat <- rep(1/x,x)
+ -sum(cat*log(cat))
+ }
> uniformeGS <- function(x) {
+ cat <- rep(1/x,x)
+ 1-sum(cat^2)
+ }
> unifpreskS <- function(x) {
+ unif <- rep(1/x,x)
+ presk <- runif(x,min=-1/(2*x), max=1/(2*x))
+ neopresk <- presk - mean(presk)
+ cat <- unif + neopresk
+ -sum(cat*log(cat))
+ }
> unifpreskGS <- function(x) {
+ unif <- rep(1/x,x)
+ presk <- runif(x,min=-1/(2*x), max=1/(2*x))
+ neopresk <- presk - mean(presk)
+ cat <- unif + neopresk
+ 1-sum(cat^2)
+ }
> domineS <- function(x) {
+ cat <- c((x-1)/x,rep((1-(x-1)/x)/(x-1),x-1))
+ -sum(cat*log(cat))
+ }
> domineGS <- function(x) {
+ cat <- c((x-1)/x,rep((1-(x-1)/x)/(x-1),x-1))
+ 1-sum(cat^2)
+ }
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 13: d12
> ###################################################
> #line 467 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> eff <- 1:20
> resUS <- sapply(eff,uniformeS)
> resUPS <- sapply(eff,unifpreskS)
> resDS <- sapply(eff,domineS)
> plot(eff, resUS, type="l", col="darkgreen",lwd=2, main="Indice de Shannon")
> lines(eff, resUPS, col="darkgreen", lty=2, lwd=2)
> lines(eff, resDS, col="darkgreen", lty=3, lwd=2)
> legend(9,2,  c("uniforme","presque uniforme", "une dominante"), lty = 1:3, lwd=2, col="darkgreen")
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 14: d13
> ###################################################
> #line 482 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> eff <- 1:20
> resUGS <- sapply(eff,uniformeGS)
> resUPGS <- sapply(eff,unifpreskGS)
> resDGS <- sapply(eff,domineGS)
> plot(eff, resUGS, type="l", col="red",lwd=2, main="Indice de Gini-Simpson")
> lines(eff, resUPGS, col="red", lty=2, lwd=2)
> lines(eff, resDGS, col="red", lty=3, lwd=2)
> legend(8,0.7,  c("uniforme", "presque uniforme","une dominante"), lty = 1:3, lwd=2, col="red")
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 15: d14
> ###################################################
> #line 573 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> x <- matrix(rnorm(15), nrow=5)
> x
           [,1]        [,2]       [,3]
[1,]  0.0203960  0.21334604  0.4891940
[2,] -0.3089098 -0.09056461 -0.2689220
[3,]  1.1455077 -0.13068227 -0.5108231
[4,]  0.5001981  1.26485900 -1.5059334
[5,]  0.3193236  0.82054876 -0.3182391
> dist(x, diag=T, upper=T)
          1         2         3         4         5
1 0.0000000 0.8806497 1.5441069 2.3057370 1.0535659
2 0.8806497 0.0000000 1.4749427 2.0054989 1.1078073
3 1.5441069 1.4749427 0.0000000 1.8314488 1.2745624
4 2.3057370 2.0054989 1.8314488 0.0000000 1.2809157
5 1.0535659 1.1078073 1.2745624 1.2809157 0.0000000
> sqrt(sum((x[1,]-x[2,])^2))
[1] 0.8806497
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 16: d15
> ###################################################
> #line 614 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> data(humDNAm)
> names(humDNAm)
[1] "distances"  "samples"    "structures"
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 17: d16
> ###################################################
> #line 625 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> divc(humDNAm$samples, sqrt(humDNAm$distances)) -> res1
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 18: d17
> ###################################################
> #line 630 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> shannon(humDNAm$samples) -> res2
> simpson(humDNAm$samples) -> res3
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 19: d18
> ###################################################
> #line 635 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> restot <- cbind(res1,res2,res3)
> colnames(restot)=c("Rao","Shannon","Simpson")
> restot
                Rao   Shannon   Simpson
oriental 0.43100189 1.2067368 0.5009452
tharu    0.48255042 1.5118191 0.6518536
wolof    0.65884298 1.7220666 0.7570248
peul     0.55952920 1.4346931 0.7134450
pima     0.06198035 0.3024839 0.1214412
maya     0.17092768 0.6142440 0.3243243
finnish  0.33280992 0.8989400 0.3659504
sicilian 0.61913580 1.6722281 0.6604938
israelij 0.67061144 1.5324659 0.7087442
israelia 0.64036818 1.6086954 0.6495726
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 20: d19
> ###################################################
> #line 676 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> interdist = sqrt(humDNAm$distances)
> divcmax(interdist)$value
[1] 2.565789
> VS <- divcmax(interdist)$vectors$sim
> freqsim <- as.data.frame(VS)
> rownames(freqsim) = rownames(humDNAm$samples)
> t(freqsim)
             1          2          6          7          8          9
VS 0.009860909 0.01754204 0.01422047 0.01380527 0.01484326 0.01920282
           10         11         12         13         17         18         21
VS 0.01816483 0.02460037 0.01546606 0.01546606 0.01484326 0.01878763 0.01422047
           22         23         27         28         29        31        34
VS 0.01795723 0.01505086 0.02003322 0.01380527 0.02999792 0.0219016 0.0219016
           36         37         38         39         40         41         42
VS 0.01961802 0.02356238 0.01546606 0.01484326 0.01546606 0.01546606 0.01546606
           43         44         45         46         47         48         49
VS 0.01858003 0.01754204 0.01546606 0.01505086 0.01359767 0.01525846 0.01546606
           50         51         52         53         54         56         57
VS 0.01546606 0.01941042 0.01525846 0.01920282 0.02086361 0.01505086 0.02356238
           64         65         66         67         68         69         71
VS 0.01920282 0.02252439 0.01484326 0.01858003 0.01546606 0.02314719 0.01941042
           72         73         75         76         77         82         83
VS 0.01463567 0.02314719 0.01878763 0.01546606 0.01546606 0.02895993 0.02356238
           95
VS 0.01546606
> 
> 
> ###################################################
> ### chunk number 21: d20
> ###################################################
> #line 691 "/bge/penel/verif_pedadoc/pedadoc/fichestd/tdr28//tdr28.rnw"
> data(carni70)
> names(carni70)
[1] "tre" "tab"
> 
> 
> 
> proc.time()
utilisateur     système      écoulé 
      0.676       0.044       0.720