#

foreach fic (tmp db)
if(-e $fic) then
\rm $fic
endif
end

if (-e CYB_REF.tblastn) then
	\mv CYB_REF.tblastn CYB_REF.tblastn.old
endif

setenv acnuc /banques0/genbank/index
setenv gcgacnuc /banques0/genbank/flat_files



foreach species ("trisopterus" "anguilla anguilla")

query genbank <<!
sel
sp=$species
sa
list1
tmp
1

st
!

cat tmp >> db.mn
\rm tmp

end

acnuc2fasta db.mn > db 
formatdb -i db -p F 

blastall -p tblastn -d db -i CYB_REF -o CYB_REF.tblastn 

\rm db db.mn db.nhr db.nin db.nsq formatdb.log

echo Fin normale
