Liste des logiciels à installer (installation LINUX):

Remplacer /mon_chemin/bin par le chemin vers le répertoire où vous souhaitez installer ces logiciels.



Phylo_win: http://pbil.univ-lyon1.fr/software/phylowin.html

Get this file: ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/phylo_win/phylo_winlinuxPC.gz

and this file: ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/phylo_win/phylo_win.help

gzip -d phylo_winlinuxPC.gz
mv phylo_winlinuxPC phylo_win
chmod +x phylo_win
mv phylo_win /mon_chemin/bin
mv phylo_win.help /mon_chemin/bin

Attention: si nécessaire, la taille de la fenêtre phylo_win peut être reparamétrée, e.g.:

phylo_win -systemfont times,10 -titlefont times,10 -seqfontsize 12

Si besoin, créez un alias:

alias phylo_win '\phylo_win -systemfont times,10 -titlefont times,10 -seqfontsize 12 \!*  >& /dev/null '




ClustalW et ClustalX: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalx/

Get this file: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalx/clustalx1.82.linux.tar.gz

gunzip clustalx1.82.linux.tar.gz
tar xvf clustalx1.82.linux.tar
mv clustalx1.82/clustalw /mon_chemin/bin
mv clustalx1.82/clustalw_help /mon_chemin/bin
mv clustalx1.82/clustalx /mon_chemin/bin
mv clustalx1.82/clustalx_help /mon_chemin/bin

Attention:  Clustalx utilise la bibliothèque graphique Motif. Si cette bibliothèque n'est pas installée, il est possible d'utiliser le clone gratuit de
Motif qui s'appelle LessTif.



SEAVIEW: ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/seaview/

Get this file: ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/seaview/seaview.linuxPC.gz
Get this file: ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/seaview/seaview_align.sh
Get this file: ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/seaview/seaview.help

gunzip seaview.linuxPC.gz
chmod +x seaview.linuxPC
mv seaview.linuxPC seaview
mv seaview /mon_chemin/bin

chmod +x seaview_align.sh
mv seaview_align.sh /mon_chemin/bin
mv seaview.help /mon_chemin/bin




BLAST: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/

Get this file: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST-BLAST/blast-2.2.6-ia32-linux.tar.gz

mkdir blast
mv  blast-2.2.6-ia32-linux.tar.gz blast
cd blast
gunzip  blast-2.2.6-ia32-linux.tar.gz
tar xvf blast-2.2.6-ia32-linux.tar


mv bl2seq /mon_chemin/bin
mv blastall /mon_chemin/bin
mv blastclust /mon_chemin/bin
mv blastpgp /mon_chemin/bin
mv fastacmd /mon_chemin/bin
mv formatdb /mon_chemin/bin
mv impala /mon_chemin/bin
mv makemat /mon_chemin/bin
mv megablast /mon_chemin/bin
mv rpsblast /mon_chemin/bin
mv seedtop /mon_chemin/bin

Créer un repertoire dans lequel seront stockées les données nécessaires à BLAST (matrices, ...):

mkdir /mon_chemin/blast
mv data /mon_chemin/blast

Créer le fichier de ressource du NCBI (nécessaire pour BLAST): .ncbirc

Ce fichier doit contenir ces 2 lignes:
[NCBI] 
Data="/mon_chemin/blast/data/"


mv .ncbirc /mon_chemin/blast/


Dans le .login de chaque utilisateur, définir les variables d'environnement suivantes:


setenv NCBI  /mon_chemin/blast/
setenv BLASTMAT /mon_chemin/blast/data/