1) Recherche de régions fonctionnelles

• Grail

• Genscan (Stanford)

• Genscan (Heidelberg)

• Genscan (Paris)

2) Recherche de similarités

• BLAST

2) Recherche et filtrage de séquences répétées

• RepeatMasker (USA)

• RepeatMasker (UK)

3) Requêtes dans les banques

• PBIL

4) Alignement par paires

• LFasta

5) Exercice

• Permians 16S rRNA
• M. albus 16S rRNA

  ---

4)Résultats

• Grail

• Genscan

• RepeatMasker

• Permians 16S rRNA aligné

  
  
  
  
  
  
  
  

Instructions PSI-BLAST:

Renommer la sequence dans protscan: HUMINS01.INS

Supprimer l'en-tete de inspep.aln:

grep -v CLUSTAL inspep.aln > inspep.aln2
psiblast -i protscan -d wormpep2000 -B inspep.aln2 -o protscan.psiblast -j 10

Instructions Profile Search:

profile inspep.aln wormpep2000