seq1 = Seq1, 600 bp
seq2 = Seq2 (Seq2), 3864 bp

>Seq1
>Seq2

61-123  (1655-1713)   93% ->
124-327  (1867-2070)   100% ->
328-546  (3217-3435)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 GGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAGGTCTTTGCGTTCCAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||--|--||||||||
   1655 GGACAGGCTGCATCAGAAGAGGCCATCAAGCAGGTCT  G  TTCCAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 GCCTTTGCGTCAG         ATCACTGTCCTTCTGCCATGGCCCTGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
   1701 GCCTTTGCGTCAGGTG...CAGATCACTGTCCTTCTGCCATGGCCCTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 GATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTGGGGACCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1895 GATGCGCCTCCTGCCCCTGCTGGCGCTGCTGGCCCTCTGGGGACCTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 CAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACACCTGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1945 CAGCCGCAGCCTTTGTGAACCAACACCTGTGCGGCTCACACCTGGTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 GCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACACACCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1995 GCTCTCTACCTAGTGTGCGGGGAACGAGGCTTCTTCTACACACCCAAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    302 CCGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGG         TGGGGCAGGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
   2045 CCGCCGGGAGGCAGAGGACCTGCAGGGTG...CAGTGGGGCAGGTGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 TGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3232 TGGGCGGGGGCCCTGGTGCAGGCAGCCTGCAGCCCTTGGCCCTGGAGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    393 TCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACCAGCATCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3282 TCCCTGCAGAAGCGTGGCATTGTGGAACAATGCTGTACCAGCATCTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    443 CCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAGACGCAGCCCGCAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
   3332 CCTCTACCAGCTGGAGAACTACTGCAACTAGACGCAGCCTGCAGGCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    493 CCACACCCGCCGCCTCCTGCACCGAGAGAGATGGAATAAAGCCCTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3382 CCACACCCGCCGCCTCCTGCACCGAGAGAGATGGAATAAAGCCCTTGAAC

    500 
    543 CAGC
        ||||
   3432 CAGC

EXONS

> 1655 3435 Seq1
1655 1713
1867 2070
3217 3435