INSA - Examen Structure et Analyse des Génomes

(23 juin 2004)

Question 1:

Etude de l'usage des codons des gènes d'une bactérie dont le génome complet est disponible : Chlamydia muridarum. Il s'agit d'une bactérie non cultivable, parasite obligatoire de son hôte.

Au moyen des outils bioinformatiques disponibles en ligne, déterminez quels sont les facteurs principaux gouvernant le choix des codons chez cet organisme. Commentez les résultats obtenus.

4 pages MAXIMUM, times 12 points, DOUBLE interligne, format PDF. Envoyez votre réponse
avant la fin de la séance à :

perriere@biomserv.univ-lyon1.fr et à
lobry@biomserv.univ-lyon1.fr

Question 2:

DECRIVEZ EXPLICITEMENT VOTRE DEMARCHE (CHOIX DES PROGRAMMES, DES PARAMETRES), JUSTIFIEZ VOS REPONSES !

Un fragment du génome du poulet (Gallus gallus) a été séquencé:

>poulet4 GATAAAAGTTTAACGTGATTTTTCAGTGATATAATTTCCATACAGGAAAAGTGTATGATA GATTTGAAAAAGGAATTATGTAATTCTGATTCATTTTTTTTAAGGAGCAGATGATTTTAG GTAAGCTTCTAAGAGAGCTATTTGAATAATCTATACGTTATAGACATACAGAGATTGGTT TTAGATGTTATTTTTCTGGAAAGATATACTAATGTGTAATAGAATACTTACTATGGCAAC AGCATGTGAAATGTTTTTAAAACAAAAGTAATTTTTTTAATAGGTCTTACAAGAAGCCTA AGTATAACTTCAGCTGAATCAGCATTTGAAAAAGCTCAAGGAGAGAGAGTTACGTTGCCA TGTACCTTTGAACTCTCAGAAGAGGATGTAGGCACACTAGATATTGAGTGGGTTTTGATA CCAGCAGATATTCAGAAGAAGGAAGAAACAGTAAGTAAAAACTTCTTAATTTTTGGCAGC TGTAGTCAAGTCATTAGGGTAAGTCAATGTGTGAACTTTGGTAGTGACTCTTTTGACTTT CACCTTTTCAAGATGGTATGCGTGTGATCTTAAATTACTTTGAAGCACCAATGTGGAAGT TATGAAATAGTGAGAATGTTACAATATTTTGTGCTTAATCCTCTATTCACTGTGAACAAT TCTAAAATTAAAAAATGATTCAGAGAACAGACAACTCTGCTTTTGCAGACCTACACTATG TTTCTGATTGAAAGAAGTCGTTTATAAGAATTTGGTCTTAAATGTAGTATGTCTTTGTTA GTTATTAGCTCTTTCACTTATTCTGAAGTCTGAGAACTTCTTTAGCAGAGATTTTACAGA ATTAAGATTAGATAAATAGTTTTCTTTAAGACAGAAGACAGTGTTGACATTCTTTCACTT GAACAGGTATTGCATTGGAGTATTTGTTAGAGCGTTTTGTGTGGTGTTATTTTGAAAAAA 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Recherchez le(s) gène(s) contenu(s) dans ce fragment.
Décrivez la structure (i.e. les positions des introns et des exons) du (ou des) gène(s).
Décrivez et justifiez chacunes de vos étapes (e.g. pourquoi doit-on rechercher et masquer les séquences répétées ?).

Envoyez votre compte-rendu (incluant les résultats et discussions) à duret@biomserv.univ-lyon1.fr (avant 12h, heure de réception du mél faisant foi!).