INSA - Examen

A fragment of the genome of chicken (Gallus gallus) has been sequenced:
 

>chicken_genome
GATAAAAGTTTAACGTGATTTTTCAGTGATATAATTTCCATACAGGAAAAGTGTATGATA
GATTTGAAAAAGGAATTATGTAATTCTGATTCATTTTTTTTAAGGAGCAGATGATTTTAG
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TCTTTATCCACATTGCAAATTTGTTTCATAAATAAATTGATAGTTTTAGTGCTGGACAAG
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TGATTGTAGGTTCATGGGCACTGAATGTGCTGTCAAGAACCTAGATGCTGCTTCACTTCA
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• Annotate the protein-coding gene(s) present in this DNA fragment.
• Describe the structure (i.e. the positions of introns, exons, start and stop codons) of the gene(s).
• Detail each step of your annotation process (which programs were used, with which parameters).
• Justify each step of your annotation process (what is the goal of each step).
• Discuss your results (what is the reliability of the predictions).