Recherche de régions fonctionnelles (codantes ou non-codantes) dans les génomes de mammifères par analyse comparative de séquences.

Searching for functional regions (coding or non-coding) in mammalian genomes by comparative sequence analysis.

Transparents du séminaire : Fichier PowerPoint, Fichier PostScript.

Il existe une liste de diffusion "bioinfo@crihan.fr" qui regroupe la communauté des bioinformaticiens francophones. Pour plus de détails et pour s'abonner, suivez le lien http://w3.crihan.fr/listes/bioinfo.html

1) Searching and masking repeated sequences (SINES, LINES, microsatellites, ...) in genomic sequences

• RepeatMasker : http://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker
• CENSOR, REPBASE : http://www.girinst.org/

2) Promoter prediction

• PROMOTER SCAN II : http://biosci.umn.edu/software/proscan/promoterscan.htm
• NNPP : http://www-hgc.lbl.gov/projects/promoter.html
• Prospector (in development): http://www.gsf.de/biodv/index.html

3) Ab initio protein-coding gene prediction (eukaryotes)

• GENSCAN : http://CCR-081.mit.edu/GENSCAN.html
• GENSCAN at Pasteur : http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/genscan.html
• FGENES : http://genomic.sanger.ac.uk/gf/gf.shtml
• GRAIL : http://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
• GeneMark-HMM : http://dixie.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgi

4) Ab initio tRNA gene prediction

• tRNAscan-SE : http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

5) Database similarity search

• BLAST at NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
• BLAST, FASTA at Pasteur : http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/alignment/intro-uk.html

6) Pairwise sequence alignment (DNA)

• LFasta + LALNVIEW : http://pbil.univ-lyon1.fr/lfasta.html
• Lalign : http://www.infobiogen.fr/services/menuserv.html
• BLAST two sequences at NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ (Bethesda, USA)

7) Visualisation tools for comparative genome sequence analysis

• Alfresco : http://www.sanger.ac.uk/Software/Alfresco/
• LALNVIEW : http://pbil.univ-lyon1.fr/software/lalnview.html
• PipMaker : http://globin.cse.psu.edu/pipmaker/
• Dotter : http://kisac.cmb.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotter.html

8) Gene (exon/intron) prediction by similarity

• SIM4 : align a mRNA (EST) against genomic DNA
  http://pbil.univ-lyon1.fr/sim4.html
  http://globin.cse.psu.edu/
• WISE2 : align a protein (or protein profile) against genomic DNA
  http://www.sanger.ac.uk/Software/Wise2/

9) Gene Expression

• SAGEmap : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE/
• In Situ Blast (TIGEM): http://hercules.tigem.it/INSITU/insitublast.html

10) Miscellaneous

• dbEST : database of expressed sequence tags (ESTs)
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
• ACUTS: compilation of Ancient Conserved UnTranslated Sequences
  http://pbil.univ-lyon1.fr/acuts/ACUTS.html