Description de l'article Caractéristiques des auteurs Caractéristiques de l'article Eléments complémentaires de l'article
Auteurs Titre HDR Etablissement qui délivre le cours Année Date de soutenance Equipes
Indiquer les noms des équipes des auteurs membres de l'unité, séparés par des points-virgules		 Doctorants
Indiquer les noms des doctorants membres de l'unité et auteurs, séparés par des points-virgules		 Affiliation institutionnelle des co-auteurs Publication en premier, dernier ou auteur de correspondance Langue Article en "open access" Citation de l'article Résumé Mots clés Lien DOI Lien HAL
LACROIX V. De novo analysis of splicing from RNA-seq data: models, algorithms and applications Université Claude Bernard  Lyon 1 2023 2023-07-05     Vincent Lacroix: Building large instruments for neuroimaging: from population imaging to ultra-high magnetic fields ;
Vincent Lacroix: Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale 		 N anglais O LACROIX V. (2023-07-05). De novo analysis of splicing from RNA-seq data: models, algorithms and applications. (Université Claude Bernard  Lyon 1). https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-04662714   Splicing, Graph algorithms, Transcriptomics, RNA-seq, De Bruijn graph, Metabolic networks, Ethics, Climate change, Epissage, Algorithme, Graphes, Métabolisme, Transcriptomique   https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-04662714
CHARLAT S. Les contours flous de l’individu Université Lyon 1 2022 2022-07-01 Sylvain Charlat: Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558  O français O CHARLAT S. (2022-07-01). Les contours flous de l’individu. (Université Lyon 1). https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-03823019 L’individu, souvent, nous saute aux yeux : vous et moi, mon chat, cet oiseau qui passe... Mais l’évidence, parfois, se dérobe. Ce champignon, ou son corps sous-terrain ? Ce peuplier, ou tous ses clones, cette forêt tout entière ? Cette bactérie, ou ce biofilm ? Cette fourmi stérile, ce petit organe à six pattes, ou sa fourmilière ? Ce puceron, et ce symbiote intracellulaire, ou la nouvelle unité qu’ils composent ? Vous et moi, ou ces éléments hétéroclites, et pour la plupart égoïstes, qui constituent nos génomes ? Ou nos innombrables cellules, et la ménagerie de notre microbiote ? À la lumière de la symbiose, du conflit et de la coopération, l’histoire du vivant devient une histoire d’associations et de dissociations, une histoire de changements d’échelles. Les cellules s’assemblent pour former des organismes multicellulaires, où l’hérédité est réglée à la baguette par les strictes lois de Mendel, mais les occasions de s’y dérober ne manquent pas. De nouvelles échelles émergent, par association, sans que les échelles antérieures ne disparaissent tout à fait. De nouveaux « niveaux de sélection » prennent le contrôle, de nouveaux « individus » émergent, mais la reproduction sexuée ou le transfert horizontal sont autant d’occasions pour les éléments qui les composent d’exister encore « pour eux-mêmes », de constituer eux aussi des niveaux de sélection efficaces, et à ce titre, des échelles de description pertinentes pour « comprendre » le vivant, pour révéler, derrière les structures, des fonctions. Mes travaux de recherche s’inscrivent dans cette perspective, dans ces questionnements. Ils apportent parfois des bribes de réponses mais consistent essentiellement (je le constate à travers ce manuscrit) à questionner les questions elles-mêmes, à les inspecter sous tous les angles. Ils portent sur la symbiose, sur Wolbachia, dont les stratégies d’invasion égoïstes défient l’imagination, même si ces bactéries intracellulaires sont parfois essentielles, si elles peuvent devenir de leur hôte le « meilleur ennemi ». Ils portent sur le transfert horizontal, cette transmission de matériel génétique entre différentes lignées évolutives, notamment entre différentes espèces d’insectes, des papillons et leur parasitoïdes, ces prédateurs de l’intérieur, ces Aliens. Mes travaux portent aussi sur la nature de l’hérédité, sur les possibles limitations d’un modèle, celui de la génétique, dont la puissance explicative pourrait masquer d’autres formes d’hérédité, peut-être trop instables pour peser lourd dans l’évolution, mais peut-être pas. Enfin, mes travaux portent sur une hypothèse, celle d’une évolution biologique qui dépasserait ses frontières, d’une sélection naturelle qui pourrait être à l’œuvre en dehors du vivant que nous connaissons, dans d’autres systèmes physiques ou chimiques, à d’autres échelles temporelles ou spatiales, en d’autres lieux, ou peut-être ici même... mais serions-nous seulement capables de les reconnaître ? Pour l’heure, cette exploration se heurte à un obstacle, un problème de poule et d’œuf où le concept d’individu se fait à nouveau central : sans individus, pas de variation héritable, pas de sélection naturelle, pas d’évolution ; mais sans évolution, pas d’adaptations, pas de « parties fonctionnelles d’un tout », pas d’unités de sélection, pas d’individus... Quelle forme pourrait prendre une (méta)théorie de l’évolution qui échapperait à ce paradoxe, une théorie évolutive « de l’évolution elle-même », qui traverserait la biologie et la physique, en expliquant, sans s’y référer, l’émergence de l’individu ? Symbiosis, Genetic conflitcs, Levels of selection, Origin of Life, Non genetic inheritance, Symbiose, Conflits génétiques, Niveau de sélection, Origine de la vie, Hérédité non génétique https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-03823019