Utilisation de jModelTest pour choisir le modèle d'évolution des séquences approprié à l'analyse d'un jeu de données nucléique

• Télécharger l'archive jmodeltest2*.tar.gz.
• Décompresser cette archive en double-cliquant sur l'icone jmodeltest2*.tar.gz
• Glisser jModelTest-2* sur votre bureau. Fermer la fenêtre de l'archive.

Nous allons reprendre les 5 alignements analysés lors de l'exercice "test d'hypothèses" sur les 8 espèces de levures.

Dans un terminal, lancez jModelTest en utilisant la commande:

cd $HOME/Bureau/jModelTest-2*
java -jar jModelTest.jar &

Pour chacun des 5 alignements:

1. utilisez le menu "File->Load DNA Alignment" pour choisir un des alignements
2. puis lancez l'analyse ("Analysis->Compute Likelihood scores". Le programme vous propose un ensemble de modèles à tester. La description des plus courants de ces modèles se trouve dans manuel de JmodelTest manuel de JModelTest. Choisissez de tester l'ensemble les 11 schemas de substitutions (qui correspondent à 88 modèles différents = "Default Settings")
3. Lorsque l'analyse est terminée, retournez sous le menu "Analysis" et choisissez "Do AIC calculations". Ce test va nous permettre d'évaluer les modèles en fonction du gain de vraisemblance qu'ils apportent et de leur richesse en paramètres.
4. Ouvrez la table de comparaison des modèles ("Results->Show results table") et allez sous l'onglet AIC. Quel est le meilleur modèle? Comparez le au modèle le plus complexe que vous connaissez. Quelle vraisemblance est la meilleure? Pourquoi le modèle le plus complexe n'a-t'il pas été choisi?
5. testez le concaténat des 5 alignements (que vous avez gardé de l'exercice précédent). Qu'observez-vous? Comment expliquez-vous ce résultat?