============================== MSWindows ==============================

Installation de SeaView sous MSWindows
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- ouvrir l'archive autoextractible seaview4.exe
cela cree une directory seaview4 que l'on peut ranger où l'on veut
- mettre sur le bureau un raccourci vers seaview.exe de cette directory.

Installation de Gblocks sous MSWindows
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- ouvrir Gblocks_0.91b.zip, et extraire le dossier qui s'y trouve
- mettre gblocks.exe dans une dir du PATH


Installation de Treefinder sous MSWindows
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- vérifier que java version >= 1.5 est disponible par la commande
java -version, sinon installer JavaRE à partir de http://java.sun.com/j2se 

- Uncompress the treefinder-windows.zip file. 
A subdirectory ‘Treefinder’ will be created. 

- Move the whole ‘Treefinder’ directory to your favorite location in your file system. 

- Go into the ‘Treefinder’ directory and click at ‘install.js’. A shortcut ‘-TREEFINDER-’ will be created. 

- Copy that shortcut onto your desktop. 



Installation de PAML sous MSWindows
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- Decompresser l'archive paml.zip
- dans une sous-dir bin se trouvent les executables
- copier codeml.exe dans une directory du PATH



Installation de MrBayes sous MSWindows
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- extraire le contenu de mrbayes-3.1.2.zip
- copier mrbayes.exe dans une dir du PATH
- mettre sur le bureau un raccourci vers mb3.1_manual.pdf


Installation de notepad++ sous MSWindows
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Ce prog sert d'editeur de texte pur.
- lancer l'installeur notepad++.Installer.exe
ceci cree une dir notepad++.5.8.5
- aller dans cette dir et dans sa sous-dir unicode
- creer sur le bureau un raccourci vers notepad++.exe


============================== LINUX ==============================

Installation de Treefinder sous Linux


Become “root”.
Unpack the distribution file into a temporary directory, but make sure that the directory structure is preserved. A subdirectory ‘Treefinder’ will be created.
Change its permissions using the shell command
chmod –R a=rx Treefinder
Move the whole ‘Treefinder’ directory to
/usr/local/src/Treefinder
In the ‘Treefinder’ directory you will find the binary of the TREEFINDER kernel ‘tf.bin’, which was compiled and statically linked on a SuSe 7.1 LINUX. It will normally be launched through the shell script ‘tf’. There is another shell script ‘treefinder’ to start TREEFINDER with its frontend. From the ‘Treefinder’ directory, please link the two scripts into your search path:
ln –s ./tf /usr/local/bin/tf ln –s ./treefinder /usr/local/bin/treefinder
From now on, the two shell scripts will be available as commands tf and treefinder from everybody's terminal windows.

