Le problème est celui du traitement de mécanismes évolutifs, comme la recombinaison ou le transfert d'ADN d'une espèce à une autre, qui rentrent en contradiction avec l'hypothèse classique de l'arbre phylogénétique de nature dichotomique. La question posée est donc la suivante : comment identifier et localiser des transferts (ou des recombinaisons) dans un arbre défini a priori. La question subséquente, mais probablement trop ambitieuse, est celle de reconstruire l'arbre phylogénétique et de localiser ces transferts simultanément.
Un transfert est défini comme une portion d'ADN, identifiée par des mutations propres à un taxon ou à un ensemble monophylétique de taxa, que l'on retrouve dans un autre taxon ou dans un autre ensemble monophyletique. Cet échange a pu se produire entre taxons terminaux, mais aussi entre branches contemporaines à l'intérieur de l'arbre.
Pour accepter l'hypothèse d'un transfert, il faut déterminer un critère testant si cette hypothèse est plus parcimonieuse (ou plus vraisemblable) que l'hypothèse de mutations convergentes sur la séquence réceptrice (par exemple un transfert est plus « économique » que 3 transversions). La longueur de la séquence transférée peut dépendre du seuil choisi pour le critère d'acceptation ou de rejet de l'hypothèse. La détermination de la direction du transfert peut dépendre du rapport entre le nombre de taxa transférant et le nombre de taxa affectés par le transfert.
