Cours MADG

Eric Tannier - Techniques algorithmique pour la comparaison de séquences biologiques

Ce cours décrit les techniques standard pour la recherche de séquences dans une base, de façon exacte ou approchée. Il fait le point aux moments où c'est nécessaire sur quelques notions basiques d'algorithmique, comme les calculs de complexité, les dictionnaires, les tables de hachage, le tri, la programmation dynamique. Il introduit les effets rebond de l'optimisation sur la consommation énergétique.

Diapos, première partie

Diapos, deuxième partie

Diapos, troisième partie

des exercices

PLAN:
1/ Recherche de séquences exactes
2/ Recherche de séquences approchées
3/ Brève description de logiciels courants
4/ Limites et effets rebonds

Durée: 12h
Évaluation: Examen final

Remarques

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