RE: demande d'aide pour utiliser "foucart" dans ade4 sous R

From: Pierre Bady (pierre.bady@univ-lyon1.fr)
Date: Wed Jun 04 2003 - 16:35:37 MEST


bonjour,

voici un petit exemple qui devrait répondre à vos attentes.

On part d’un fichier texte contenant 3 tableaux ( 3x [4 x 3]).

Les lignes en rouge et commençant par # sont des commentaires.
Les lignes en noir sont des lignes de commande dans R.

#*****************************************************
# voici mon p'tit exemple
#*****************************************************
# Exemple avec 3 tableaux [4 x 3]
# Attention! il y a une tabulation au début du fichier (avant var1)!
# on stocke le k-tableau (k=3) dans un fichier texte "example.txt".

         var1 var2 var3
ind11 3 6 54
ind12 5 25 1
ind13 8 121 3
ind14 5 24 5
ind21 1 10 1
ind22 2 41 20
ind23 5 0 1
ind24 2 4 6
ind31 6 0 54
ind32 2 4 4
ind33 2 5 5
ind34 9 5 2

# maimtenant, on "rentre" dans R !

example <- read.table(«c:\\…\\example.txt»,h=T)

# le fichier ‘example.txt’ est contenu dans l’objet ‘example’
# «c:\\…\\» indique l’emplacement du fichier «example.txt» (= directory )
# si le fichier n'est pas dans le dossier de travail
# cf http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr114.pdf
# h=T indique la prise en compte des nom des lignes et des colonnes
# Attention! il y a une tabulation au début du fichier (avant var1)!

summary(example)

# donne le résumé du tableau

dim(example)

# donne les dimensions du tableau
# consultons l’aide de la fonction 'foucart'

? foucart

# la fonction ‘foucart’ accepte en argument une liste de ‘data.frame’
# on crée donc une liste qui contiendra nos tableaux

listeexample <- list()

# pour l’instant la liste est vide!
# pour la remplir on a plusieurs solution:
#solution 1- la brutale!

listeexample[[1]] <- as.data.frame(example[1:4,])
listeexample[[2]] <- as.data.frame(example[5:8,])
listeexample[[3]] <- as.data.frame(example[9:12,])

# autres solutions
#on fabrique un vecteur qui indique les tableaux

indicateurTableau <- c(rep(1,4),rep(2,4),rep(3,4))
indicateurTableau

# on obtient un vecteur => 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3
# ensuite on fait une p'tit boucle
for (i in 1: 3) {
listeexample[[i]] <-as.data.frame(example[indicateurTableau == i,])
}

# notre liste contient trois objets "data.frame" correspondant à nos trois
tableaux de départ

# on peut donner éventuellement des noms aux éléments de la liste

names(listeexample) <- c("tableau1", "tableau2", "tableau3")

# Attention pour utiliser la fonction ‘foucart’, les tableaux
# doivent posséder les mêmes nom de lignes (‘row.names’)
# on utilise par exemple les noms du tableau 1 comme référence

row.names(listeexample[[2]])=row.names(listeexample[[1]])
row.names(listeexample[[3]])=row.names(listeexample[[1]])

# ensuite on peut utiliser la fonction ‘foucart’

foucexample <- foucart(listeexample,nf=2,scannf=F)

# impression du résultat

foucexample

# et graphs

plot(foucexample)

#*****************************************************
Pour plus de renseignements sur les analyses k-tableaux,
consulter http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr68.pdf.

cordialement

P.BADY

PS: ci-joint le fichier "example.txt"

At 13:20 04/06/2003 +0000, Lise bellanger wrote:
>Bonjour,
>
> Je me permets de vous écrire car je désirerai utiliser la fonction
>"foucart" de la librairie ade4 sous R ( j'avais oublié de le préciser
>dans mon précédent mail) ; mais j'ai quelques ennuies :
> je n'arrive pas à créer un fichier qui puisse être utilisé en entrée
>
>dans
>cette fonction (j'ai trois tableaux 187 lignes et 49 colonnes en
>format txt).
> Je vous remercie par avance de votre aide.
>
> Bien cordialement
>
> Lise Bellanger
>
>
>
>
>--
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>Lise BELLANGER
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