Bonjour à tous,
Suite à la réponse de Pierre Bady, concernant l'analyse STATICO sur R, j'ai
voulu comparer 2 analyses STATIS, une réalisée avec ADE4 et l'autre avec R.
J'ai utilisé pour cela les données environnementales du Méaudret : 10
variables mesurées sur 6 stations à 4 saisons différentes.
Procédure sur R :
# analyse intra-classe normalisée : normalisation de Bouroche
wit1 <- within.pca(meau$mil, meau$plan$dat, scan = FALSE, scal =
"total")
# création du K-tableau
kta1 <- ktab.within(wit1, colnames =
rep(c("S1","S2","S3","S4","S5","S6"), 4))
# analyse STATIS :
statmil<-statis(kta1)
Procédure sur ADE4 :
KTabUtil : InitKTab
KTabUtil : NormelizeKtab
Row-Col option : option 3 : Bouroche's normalization
STATIS : Operator averaging
.ktta input file : Mil.ktta
option : RV matrix
Je trouve les mêmes valeurs propres lors des 2 analyses concernant
l'interstructure :
sur R :
> statmil$RV.eig
[1] 2.5537899 0.9897561 0.3068554 0.1495986
sur ADE4 :
File C:\ade4\ade-4\ade4tools\dir_Try\Meaudr\Mil.oa+RV contains the cosines
between operators
It has 4 rows and 4 columns
Compromise with the cosines between operators
Num. Eigenval. R.Iner. R.Sum |Num. Eigenval. R.Iner. R.Sum |
01 +2.5538E+00 +0.6384 +0.6384 |02 +9.8976E-01 +0.2474 +0.8859 |
03 +3.0686E-01 +0.0767 +0.9626 |04 +1.4960E-01 +0.0374 +1.0000 |
J'obtiens également la même matrice des RV :
sur R :
> statmil$RV
spring summer autumn winter
spring 1.0000000 0.8249223 0.5075109 0.2554849
summer 0.8249223 1.0000000 0.5951428 0.2326566
autumn 0.5075109 0.5951428 1.0000000 0.6303486
winter 0.2554849 0.2326566 0.6303486 1.0000000
sur ADE4 :
----------------------- Correlation matrix -------------------
[ 1] 1000
[ 2] 825 1000
[ 3] 508 595 1000
[ 4] 255 233 630 1000
----------------------------------------------------------------------
Par contre, au niveau du compromis, je n'obtiens pas du tout les mêmes
valeurs propres, et du coup pas les mêmes coordonnées et pas les mêmes
représentations graphiques.
Valeurs propres du compromis sur R :
> statmil$C.eig
[1] 1.353855706 0.702245786 0.421078774 0.197868584 0.084319429
0.057779529 0.021028775
[8] 0.015696901 0.009723404 0.004978209
Valeurs propres du compromis sur ADE4 :
File C:\ade4\ade-4\ade4tools\dir_Try\Meaudr\Mil.oa+IS contains the table
scores of the interstructure analysis
It has 4 rows and 4 columns
Num. Eigenval. R.Iner. R.Sum |Num. Eigenval. R.Iner. R.Sum |
01 +3.0138E-01 +0.5841 +0.5841 |02 +8.8742E-02 +0.1720 +0.7561 |
03 +5.5621E-02 +0.1078 +0.8639 |04 +3.5754E-02 +0.0693 +0.9332 |
05 +1.6751E-02 +0.0325 +0.9657 |06 +8.6903E-03 +0.0168 +0.9825 |
07 +3.6846E-03 +0.0071 +0.9897 |08 +3.1726E-03 +0.0061 +0.9958 |
09 +1.3266E-03 +0.0026 +0.9984 |10 +8.3395E-04 +0.0016 +1.0000 |
Quelqu'un saurait-il d'où vient cette différence ?
Merci de m'éclairer un peu
Charline LAURENT
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